gmx-convert-tpr - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-convert-tpr - Maak een aangepast run-invoerbestand

KORTE INHOUD

gmx converteren-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-verlengen ]
[-tot ] [-nstappen ] [-tijd ]
[-[geen]nul] [-[roman] [-[geen]vervolg]
[-init_fep_staat ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx converteren-tpr kan runinvoerbestanden op vier manieren bewerken.

1. door het aantal stappen in een runinvoerbestand met opties te wijzigen -verlengen, -tot or
-nstappen (nstappen=-1 betekent onbeperkt aantal stappen)

2. (VEROUDERD) door een run-invoerbestand te maken voor een vervolgrun wanneer uw simulatie dat heeft gedaan
crashte bijvoorbeeld door een volle schijf, of door het maken van een invoerbestand voor de vervolgrun. Deze optie
is verouderd, omdat mdrun nu checkpoint-bestanden schrijft en leest. Note dat een frame met
coördinaten en snelheden nodig. Bij druk en/of neus-hoover-temperatuur
Bij koppeling wordt gebruik gemaakt van een energiebestand om een ​​exact vervolg te krijgen
originele loop.

3. door een .tpx-bestand te maken voor een subset van uw originele tpx-bestand, wat handig is wanneer
u het oplosmiddel uit uw .tpx-bestand wilt verwijderen, of wanneer u bijvoorbeeld een pure
Calpha .tpx-bestand. Houd er rekening mee dat u mogelijk gebruik moet maken van -nstappen -1 (of iets dergelijks) om dit te bereiken
werken. WAARSCHUWING: dit .tpx filet is niet geheel functioneel.

4. door de kosten van een bepaalde groep op nul te zetten. Dit is handig als u gratis doet
energieschattingen met behulp van de LIE-methode (Linear Interaction Energy).

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Optioneel)
Volledig precisietraject: TRR cpt tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (Optioneel)
Energiebestand

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

Andere opties:

-verlengen (0)
Verleng de looptijd met dit bedrag (ps)

-tot (0)
Verleng de looptijd tot deze eindtijd (ps)

-nstappen (0)
Wijzig het aantal stappen

-tijd (-1)
Ga op dit moment verder vanaf frame (ps) in plaats van het laatste frame

-[geen]nul (Nee)
Zet de kosten van een groep (uit de index) op nul

-[roman (Ja)
Vereist snelheden van het traject

-[geen]vervolg (Ja)
Voor een exacte voortzetting mogen de beperkingen niet vóór de eerste stap worden toegepast

-init_fep_staat (0)
fep-status waaruit moet worden geïnitialiseerd

Gebruik gmx-convert-tpr online met behulp van onworks.net-services