gmx-current - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-current - Bereken diëlektrische constanten en huidige autocorrelatiefunctie

KORTE INHOUD

gmx huidige [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-café [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-MD [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[nu] [-xvg ]
[-NS ] [-[geen] geen sprong] [-eps ] [-bfit ]
[-fit ] [-bvit ] [-uitsluiten ] [-tr ]
[-temp ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx actueel is een hulpmiddel voor het berekenen van de huidige autocorrelatiefunctie, de
correlatie van het rotatie- en translatiedipoolmoment van het systeem, en de
resulterende statische diëlektrische constante. Om een ​​redelijk resultaat te verkrijgen heeft de indexgroep
neutraal zijn. Bovendien is de routine in staat de statische geleidbaarheid te extraheren
van de huidige autocorrelatiefunctie, als snelheden worden gegeven. Bovendien is een
Einstein-Helfand-fit kan worden gebruikt om de statische geleidbaarheid te verkrijgen.

De vlag -café is voor de uitvoer van de huidige autocorrelatiefunctie en -mc schrijft het
correlatie van het rotatie- en translatiegedeelte van het dipoolmoment in de
bijbehorende bestand. Deze optie is echter alleen beschikbaar voor trajecten met
snelheden. Opties -NS en -tr zijn verantwoordelijk voor de middeling en integratie van de
autocorrelatie functies. Aangezien het middelen plaatsvindt door het beginpunt te verschuiven
het traject, de verschuiving kan worden aangepast -NS om de keuze voor niet-gecorreleerd mogelijk te maken
startpunten. Tegen het einde neemt de statistische onnauwkeurigheid toe en wordt de integratie ervan steeds groter
De correlatiefunctie levert slechts tot een bepaald punt betrouwbare waarden op, afhankelijk van de
aantal kozijnen. De optie -tr bepaalt de regio van de integraal waarmee rekening wordt gehouden
voor het berekenen van de statische diëlektrische constante.

Keuze -temp stelt de temperatuur in die nodig is voor de berekening van het statische diëlektricum
constante.

Keuze -eps regelt de diëlektrische constante van het omringende medium voor simulaties
met behulp van een reactieveld of dipoolcorrecties van de Ewald-sommatie (-eps=0 komt overeen met
randvoorwaarden van aluminiumfolie).

-[geen] geen sprong ontvouwt de coördinaten om vrije diffusie mogelijk te maken. Dit is nodig om een
continu translationeel dipoolmoment, vereist voor de Einstein-Helfand-fit. De resultaten
uit de pasvorm kan de diëlektrische constante voor het geladen systeem worden bepaald
moleculen. Het is echter ook mogelijk om de diëlektrische constante uit de
fluctuaties van het totale dipoolmoment in gevouwen coördinaten. Maar deze optie moet wel zo zijn
met zorg gebruikt, aangezien slechts zeer korte tijdspannes voldoen aan de benadering die de
de dichtheid van de moleculen is ongeveer constant en de gemiddelden zijn al geconvergeerd.
Voor de zekerheid moet de diëlektrische constante worden berekend met behulp van de
Einstein-Helfand-methode voor het translationele deel van de diëlektrische constante.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (huidige.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-café [<.xvg>] (café.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-MD [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-NS (1000)
Verschuiving van de frames voor het middelen van de correlatiefuncties en het gemiddelde kwadraat
verplaatsing.

-[geen] geen sprong (Ja)
Verwijdert sprongen van atomen over de doos.

-eps (0)
Diëlektrische constante van het omringende medium. De waarde nul komt overeen met
oneindig (randvoorwaarden van aluminiumfolie).

-bfit (100)
Begin van de aanpassing van de rechte lijn aan de MSD van de translationele fractie van
het dipoolmoment.

-fit (400)
Einde van de pasvorm van de rechte lijn op de MSD van de translationele fractie van de
dipool moment.

-bvit (0.5)
Begin van de aanpassing van de huidige autocorrelatiefunctie aan a*t^b.

-uitsluiten (5)
Einde van de aanpassing van de huidige autocorrelatiefunctie aan a*t^b.

-tr (0.25)
Fractie van het traject waarmee rekening wordt gehouden voor de integraal.

-temp (300)
Temperatuur voor het berekenen van epsilon.

Gebruik gmx-current online met behulp van onworks.net-services