gmx-densmap - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-densmap - Bereken 2D planaire of axiale-radiale dichtheidskaarten

KORTE INHOUD

gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-bak ] [-gem ]
[-x min ] [-max ] [-n1 ] [-n2 ]
[-max ] [-r max ] [-[geen]spiegel] [-[geen]sommen]
[-eenheid ] [-min ] [-d max ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx denskaart berekent 2D-kaarten met nummerdichtheid. Het kan vlakke en axiaal-radiale dichtheid maken
kaarten. Het resultaat .xpm bestand kan worden gevisualiseerd met bijvoorbeeld xv en kan worden geconverteerd naar
naschrift met xpm2ps. Optioneel kan uitvoer in tekstvorm zijn naar een .dat bestand met -od,
in plaats van het gebruikelijke .xpm bestand met -o.

De standaardanalyse is een 2D-getallendichtheidskaart voor een geselecteerde groep atomen in de xy
vliegtuig. Met de optie kan de middelingsrichting worden gewijzigd -gem. Wanneer -x min en / of
-max zijn ingesteld, worden alleen atomen genomen die binnen de limiet(en) in de middelingsrichting liggen
rekening mee houden. De rasterafstand wordt ingesteld met de optie -bak. Wanneer -n1 or -n2 is niet nul,
de rastergrootte wordt ingesteld door deze optie. Er wordt goed rekening gehouden met schommelingen in de afmetingen van de dozen
account.

Wanneer opties -max en -r max zijn ingesteld, wordt een axiale-radiale nummerdichtheidskaart gemaakt. Drie
groepen moeten worden geleverd, de zwaartepunten van de eerste twee groepen definiëren de as,
de derde definieert de analysegroep. De axiale richting gaat van -amax naar +amax, waar
het centrum wordt gedefinieerd als het middelpunt tussen de massamiddelpunten en het positieve
richting gaat van het eerste naar het tweede zwaartepunt. De radiale richting gaat
van 0 tot rmax of van -rmax tot +rmax wanneer de -spiegel optie is ingesteld.

De normalisatie van de uitvoer wordt ingesteld met de -eenheid keuze. De standaardwaarde produceert een true
aantal dichtheid. Eenheid nm-2 laat de normalisatie voor de middeling of hoek weg
richting. Keuze tellen produceert de telling voor elke rastercel. Wanneer u niet wilt dat de
schaal in de uitvoer om van nul naar de maximale dichtheid te gaan, u kunt het maximum instellen met
de optie -d max.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optioneel)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-od [<.dat>] (densmap.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
X PixMap-compatibel matrixbestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-bak (0.02)
Rastergrootte (nm)

-gem (z)
De richting om te middelen over: z, y, x

-x min (-1)
Minimale coördinaat voor middeling

-max (-1)
Maximale coördinaat voor middeling

-n1 (0)
Aantal rastercellen in de eerste richting

-n2 (0)
Aantal rastercellen in de tweede richting

-max (0)
Maximale axiale afstand vanaf het midden

-r max (0)
Maximale radiale afstand

-[geen]spiegel (Nee)
Voeg het spiegelbeeld toe onder de axiale as

-[geen]sommen (Nee)
Print densiteitssommen (1D-kaart) naar stdout

-eenheid (nm-3)
Eenheid voor de uitvoer: nm-3, nm-2, aantal

-min (0)
Minimale dichtheid in output

-d max (0)
Maximale dichtheid in uitvoer (0 betekent berekenen)

Gebruik gmx-densmap online met behulp van onworks.net-services