gmx-diëlektricum - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-diëlektricum - Bereken frequentieafhankelijke diëlektrische constanten

KORTE INHOUD

gmx diëlektricum [-f [<.xvg>]] [-d [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[nu]
[-xvg ] [-[geen]x1] [-eint ] [-bfit ]
[-fit ] [-staart ] [-A ] [-tau1 ]
[-tau2 ] [-eps0 ] [-epsRF ]
[-repareren ] [-ffn ] [-nssoepel ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx diëlectrisch berekent frequentieafhankelijke diëlektrische constanten uit de
autocorrelatiefunctie van het totale dipoolmoment in uw simulatie. Deze ACF kan dat zijn
gegenereerd door gmx dipolen. De functionele vormen van de beschikbare functies zijn:

· Eén parameter: y = exp(-a_1 x),

· Twee parameters: y = a_2 exp(-a_1 x),

· Drie parameters: y = a_2 exp(-a_1 x) + (1 - a_2) exp(-a_3 x).

Startwaarden voor de fit-procedure kunnen op de opdrachtregel worden opgegeven. Het is ook mogelijk
Gebruik om parameters op hun startwaarde te zetten -repareren met het nummer van de gewenste parameter
repareren.

Er worden drie uitvoerbestanden gegenereerd, de eerste bevat de ACF, een exponentiële aanpassing daaraan
met 1, 2 of 3 parameters, en de numerieke afgeleide van de combinatie data/fit. De
het tweede bestand bevat de reële en denkbeeldige delen van het frequentieafhankelijke diëlektricum
constant, de laatste geeft een plot dat bekend staat als het Cole-Cole-plot, waarin het denkbeeldige
component wordt uitgezet als functie van de reële component. Voor een puur exponentieel
relaxatie (Debye-relaxatie), de laatste plot moet de helft van een cirkel zijn.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xvg>] (dipcorr.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-d [<.xvg>] (afgeleid.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-o [<.xvg>] (epsw.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-c [<.xvg>] (cole.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen]x1 (Ja)
gebruik eerste kolom als x-as in plaats van de eerste gegevensset

-eint (5)
Tijd om de integratie van de data te beëindigen en de fit te gaan gebruiken

-bfit (5)
Begin van de fittijd

-fit (500)
Eindtijd van fit

-staart (500)
Functieduur inclusief gegevens en staart vanaf pasvorm

-A (0.5)
Startwaarde voor fitparameter A

-tau1 (10)
Startwaarde voor fitparameter tau1

-tau2 (1)
Startwaarde voor fitparameter tau2

-eps0 (80)
epsilon0 van uw vloeistof

-epsRF (78.5)
epsilon van het reactieveld dat in uw simulatie wordt gebruikt. Een waarde van 0 betekent oneindig.

-repareren (0)
Zet parameters vast op hun startwaarden, A (2), tau1 (1) of tau2 (4)

-ffn (Geen)
Fit-functie: geen, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-nssoepel (3)
Aantal punten voor vereffening

Gebruik gmx-diëlektricum online met behulp van onworks.net-services