gmx-helix - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-helix - Bereken basiseigenschappen van alfa-helices

KORTE INHOUD

gmx-helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-r0 ] [-[nee]q] [-[nee]F]
[-[nee]db] [-[nee]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx schroef berekent allerlei helixeigenschappen. Eerst wordt het peptide gecontroleerd om te vinden
het langste spiraalvormige deel, zoals bepaald door waterstofbruggen en phi/psi-hoeken. Dat stukje is
gemonteerd op een ideale helix rond de z-as en gecentreerd rond de oorsprong. Dan de
volgende eigenschappen worden berekend:

· Helix-radius (file straal.xvg). Dit is slechts de RMS-afwijking in twee dimensies
voor alle Calpha-atomen. het wordt berekend als sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) waarbij N is
het aantal backbone-atomen. Voor een ideale helix is ​​de straal 0.23 nm.

· Draai (bestand draai.xvg). De gemiddelde spiraalhoek per residu wordt berekend. Voor een
alpha-helix is ​​het 100 graden, voor 3-10 helices zal het kleiner zijn, en voor 5-helices
het zal groter zijn.

· Stijging per residu (bestand opkomst.xvg). De spiraalvormige stijging per residu wordt uitgezet als de
verschil in z-coördinaat tussen Calpha-atomen. Voor een ideale helix is ​​dit 0.15 nm.

· Totale helixlengte (file len-ahx.xvg). De totale lengte van de helix in nm. Dit is
gewoon de gemiddelde stijging (zie hierboven) maal het aantal spiraalvormige residuen (zie hieronder).

· Helix dipool, alleen backbone (file dip-ahx.xvg).

· RMS-afwijking van ideale helix, alleen berekend voor de Calpha-atomen (file
rms-ahx.xvg).

· Gemiddelde Calpha - Calpha tweevlakshoek (file phi-ahx.xvg).

· Gemiddelde phi- en psi-hoeken (file phipsi.xvg).

· Ellipticiteit bij 222 nm volgens Hirst en Brooks.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexbestand

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-r0 (1)
Het eerste residunummer in de reeks

-[nee]q (Nee)
Controleer bij elke stap welk deel van de reeks spiraalvormig is

-[nee]F (Ja)
Toggle fit tot een perfecte helix

-[nee]db (Nee)
Print debug info

-[nee]ev (Nee)
Schrijf een nieuw 'traject'-bestand voor ED

-ahxstart (0)
Eerste residu in helix

-ahxend (0)
Laatste residu in helix

Gebruik gmx-helix online met behulp van onworks.net-services