Dit is de opdracht gmx-make_ndx die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-make_ndx - Maak indexbestanden
KORTE INHOUD
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> ] [-o [<.ndx>]]
[-natomen ] [-[niet winnen]
PRODUCTBESCHRIJVING
Indexgroepen zijn nodig voor bijna elk GROMACS-programma. Al deze programma's kunnen dat
standaardindexgroepen genereren. Je hoeft ALLEEN te gebruiken gmx make_ndx wanneer je SPECIAAL nodig hebt
indexgroepen. Er is een standaardindexgroep voor het hele systeem, 9 standaardindexgroepen
voor eiwitten, en er wordt een standaardindexgroep gegenereerd voor elke andere residunaam.
Als er geen indexbestand wordt aangeleverd, ook gmx make_ndx genereert de standaardgroepen. Met
in de indexeditor kunt u selecteren op atoom-, residu- en ketennamen en -nummers. Wanneer een run
invoerbestand wordt meegeleverd, u kunt ook selecteren op atoomtype. Je kunt NOT, AND en OR, you gebruiken
kan groepen splitsen in ketens, residuen of atomen. U kunt groepen verwijderen en hernoemen.
De atoomnummering in de editor en het indexbestand begint bij 1.
De -tweeling switch dupliceert alle indexgroepen met een offset van -natomen, wat handig is
voor Computationele Elektrofysiologie dubbellaagse membraanopstellingen.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Optioneel)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp TPR
-n [<.ndx> (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
Indexbestand
Andere opties:
-natomen (0)
aantal atomen instellen (standaard: lezen uit coördinaten- of indexbestand)
-[niet winnen (Nee)
Dupliceer alle indexgroepen met een offset van -natoms
Gebruik gmx-make_ndx online met behulp van onworks.net-services
