gmx-msd - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-msd - Berekent gemiddelde vierkante verplaatsingen

KORTE INHOUD

gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-u ] [-[nu] [-xvg ]
[-Type ] [-lateraal ] [-[geen tien] [-ngroep ]
[-[nee] mw] [-[geen]rmcomm] [-tpdb ] [-start ]
[-beginnen ] [-eindfit ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx msd berekent de gemiddelde vierkante verplaatsing (MSD) van atomen uit een reeks initiaal
posities. Dit biedt een eenvoudige manier om de diffusieconstante te berekenen met behulp van de Einstein
relatie. De tijd tussen de referentiepunten voor de MSD-berekening wordt ingesteld met
-start. De diffusieconstante wordt berekend door middel van de kleinste kwadraten die op een rechte lijn passen
(D*t + c) via de MSD(t) van -beginnen naar -eindfit (merk op dat t de tijd is vanaf de
referentieposities, niet de simulatietijd). Er is een foutschatting gegeven, namelijk de
verschil van de diffusiecoëfficiënten verkregen uit passingen over de twee helften van de passing
interval.

Er zijn drie, elkaar uitsluitende, opties om verschillende soorten gemiddelde kwadraten te bepalen
verplaatsing: -Type, -lateraal en -tien. Keuze -tien schrijft voor elk de volledige MSD-tensor
groep, is de volgorde in de uitvoer: trace xx yy zz yx zx zy.

If -mol is ingesteld, gmx msd plot de MSD voor individuele moleculen (inclusief het maken van moleculen).
geheel over periodieke grenzen heen): voor elk individueel molecuul is er een diffusieconstante
berekend voor het massamiddelpunt. De gekozen indexgroep wordt in moleculen gesplitst.

De standaardmanier om een ​​MSD te berekenen is door gebruik te maken van massagewogen gemiddelden. Deze kan worden gedraaid
weg met -nom.

Met de optie -rmcomm, kan het massamiddelpunt van een specifieke groep worden verwijderd. Voor
trajecten geproduceerd met GROMACS is dit meestal niet nodig, zoals gmx mdrun doorgaans
verwijdert al het massacentrum. Wanneer u deze optie gebruikt, zorg er dan voor dat de
het hele systeem wordt opgeslagen in het trajectbestand.

De diffusiecoëfficiënt wordt bepaald door lineaire regressie van de MSD, waarbij, in tegenstelling tot voor
de normale uitvoer van D, de tijden worden gewogen op basis van het referentienummer
punten, dwz korte tijden hebben een hoger gewicht. Ook wanneer -beginfit``=-1,passend starts at
10% en wanneer ``-eindaanpassing``=-1, fitting gaat naar 90%. gebruik dit optie een ook krijgt an
accuraat fout schatting gebaseerde on de statistiek tussen individueel moleculen. Note dat
dit omroep coëfficiënt en fout schatting zijn Slechts accuraat wanneer de MSD is compleet
lineair tussen ``-beginfit en -eindfit.

Keuze -pdb schrijft een .pdb bestand met de coördinaten van het frame op dat moment -tpdb binnen de
B-factorveld de vierkantswortel van de diffusiecoëfficiënt van het molecuul. Deze optie
impliceert optie -mol.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Optioneel)
Eiwit databank bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-u (ps)
Eenheid voor tijdwaarden: fs, ps, ns, us, ms, s

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-Type (Nee)
Bereken de diffusiecoëfficiënt in één richting: nee, x, y, z

-lateraal (Nee)
Bereken de laterale diffusie in een vlak loodrecht op: nee, x, y, z

-[geen tien (Nee)
Bereken de volledige tensor

-ngroep (1)
Aantal groepen waarvoor MSD moet worden berekend

-[nee] mw (Ja)
Massagewogen MSD

-[geen]rmcomm (Nee)
Verwijder het massamiddelpunt

-tpdb (0)
Het frame dat u als optie moet gebruiken -pdb (ps)

-start (10)
Tijd tussen herstartpunten in traject (ps)

-beginnen (-1)
Starttijd voor het aanbrengen van de MSD (ps), -1 is 10%

-eindfit (-1)
Eindtijd voor het aanbrengen van de MSD (ps), -1 is 90%

Gebruik gmx-msd online met behulp van onworks.net-services