Dit is de opdracht gmx-nmtraj die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-nmtraj - Genereer een virtueel oscillerend traject op basis van een eigenvector
KORTE INHOUD
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-fasen ] [-temp ] [-amplitude ]
[-nframes ]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx nmtraj genereert een virtueel traject uit een eigenvector, overeenkomend met a
harmonische cartesiaanse oscillatie rond de gemiddelde structuur. De eigenvectoren zouden dat moeten doen
normaal gesproken massa-gewogen, maar u kunt niet-gewogen eigenvectoren gebruiken om te genereren
orthogonale bewegingen. De uitvoerframes worden geschreven als een trajectbestand dat een geheel beslaat
periode, en het eerste frame is de gemiddelde structuur. Als je het traject schrijft in (of
converteren naar) PDB-formaat, kunt u het rechtstreeks in PyMol bekijken en ook een fotorealistisch renderen
film. Bewegingsamplitudes worden berekend op basis van de eigenwaarden en een vooraf ingestelde temperatuur,
uitgaande van een gelijke verdeling van de energie over alle modi. Om de beweging duidelijk zichtbaar te maken
PyMol wil je het misschien versterken door een onrealistisch hoge temperatuur in te stellen.
Houd er echter rekening mee dat zowel de lineaire cartesiaanse verplaatsingen als de massaweging dat wel zullen doen
leiden tot ernstige structuurvervorming bij hoge amplitudes - dit is slechts een beperking
van het Cartesiaanse normale modusmodel. Standaard is de geselecteerde eigenvector ingesteld op 7
de eerste zes normale modi zijn de translationele en roterende vrijheidsgraden.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Volledig precisietraject: TRR cpt tng
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Traject: xtc TRR gro g96 pdb tng
Andere opties:
-eignr (7)
Reeks te gebruiken eigenvectoren (de eerste is 1)
-fasen (0.0)
Reeks fasen (standaard is 0.0)
-temp (300)
Temperatuur (K)
-amplitude (0.25)
Amplitude voor modi met eigenwaarde<=0
-nframes (30)
Aantal frames dat moet worden gegenereerd
Gebruik gmx-nmtraj online met behulp van onworks.net-services
