gmx-rmsf - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-rmsf - Bereken atomaire fluctuaties

KORTE INHOUD

gmx-rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-ok [<.pdb>]] [-OS [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [- richt [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[nu] [-xvg ] [-[nee]res]
[-[geen]aniso] [-[past niet]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx RMSF berekent de kwadratische fluctuatie (RMSF, dwz standaarddeviatie) van
atomaire posities in het traject (meegeleverd met -f) na (optioneel) passen op a
referentiekader (meegeleverd met -s).

Met optie -ok de RMSF-waarden worden geconverteerd naar B-factorwaarden, die worden geschreven naar a
.pdb bestand met de coördinaten, van het structuurbestand, of van a .pdb bestand wanneer -q is
gespecificeerd. Optie -OS schrijft de B-factoren naar een bestand met de gemiddelde coördinaten.

Met de optie -od de kwadratische afwijking ten opzichte van de referentiestructuur
berekend.

Met de optie -aniso, gmx RMSF berekent anisotrope temperatuurfactoren en dan is het
geeft ook gemiddelde coördinaten en a .pdb bestand met ANISOU-records (overeenkomend met
de -ok or -OS optie). Houd er rekening mee dat de U-waarden oriëntatie-afhankelijk zijn, dus eerder
vergelijking met experimentele gegevens moet u controleren of u past bij de experimentele
coördinaten.

Wanneer een .pdb invoerbestand wordt doorgegeven aan het programma en de -aniso vlag is ingesteld op een correlatie
plot van de Uij zal worden gemaakt, als er anisotrope temperatuurfactoren aanwezig zijn in de
.pdb bestand.

Met optie - richt de gemiddelde MSF (3x3) matrix is ​​gediagonaliseerd. Dit toont de richtingen
waarin de atomen het meest en het minst fluctueren.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Optioneel)
Eiwit databank bestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-ok [<.pdb>] (bfac.pdb) (Optioneel)
Eiwit databank bestand

-OS [<.pdb>] (xaver.pdb) (Optioneel)
Eiwit databank bestand

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

- richt [<.log>] (rmsf.log) (Optioneel)
Logbestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[nee]res (Nee)
Bereken gemiddelden voor elk residu

-[geen]aniso (Nee)
Bereken anisotrope temperatuurfactoren

-[past niet (Ja)
Voer een kleinste-kwadratensuperpositie uit voordat u de RMSF berekent. Zonder dit moet je maken
zorg ervoor dat de referentiestructuur en het traject overeenkomen.

Gebruik gmx-rmsf online met onworks.net-services