go2fmtp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - conversietool en zijn wrappers

KORTE INHOUD

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologie/*.ontologie
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologie/gene_ontologie.obo

PRODUCTBESCHRIJVING

ontleedt elk ontologiebestand in GO/OBO-stijl en schrijft uit als een ander formaat

ARGUMENTEN
-e FOUT

schrijft parseerfouten in XML - standaard ingesteld op STDERR (er mogen geen parseerfouten in well zijn)
gevormde bestanden)

-p FORMAT

bepaalt welke parser moet worden gebruikt; indien niet gespecificeerd, wordt een schatting gemaakt op basis van het bestand
achtervoegsel. Zie hieronder voor formaten

-w|schrijver FORMAT

formaat voor uitvoer - zie hieronder voor lijst

-|xslt XSLT

De naam of bestandsnaam van een XSLT-transformatie

Dit kan ofwel een absoluut pad zijn naar een bestand waar dan ook op het bestandssysteem, of het kan gewoon:
wees de naam van de xslt; bijv

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Als de naam is opgegeven, wordt eerst naar $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl gezocht; indien
GO_ROOT niet is ingesteld, dan zal de perl-modules dir waar GO is geïnstalleerd worden doorzocht (de
xslts wordt hier automatisch geïnstalleerd als u het normale installatieproces volgt)

-gebruik_cache
Als deze schakelaar is opgegeven, is de cachemodus ingeschakeld.

In de caching-modus zal de eerste keer dat u een bestand parseert, een extra bestand zijn
geëxporteerd in een speciaal formaat dat snel te ontleden is. Dit bestand heeft dezelfde bestandsnaam
als het originele bestand, behalve dat het het achtervoegsel ".cache" heeft.

De volgende keer dat u het bestand ontleedt, zal dit programma automatisch controleren op het bestaan
van het ".cache"-bestand. Als het bestaat en recenter is dan het bestand dat u hebt opgegeven, is dit:
wordt in plaats daarvan geparseerd. Als het niet bestaat, wordt het opnieuw opgebouwd.

Dit zal een snelheidsverbetering opleveren voor b van de onderstaande uitvoerformaten (zoals
padlijst). De meeste uitvoerformaten werken met op gebeurtenissen gebaseerde parsing, dus het in de cache plaatsen van het object brengt:
geen voordeel en zal in feite langzamer zijn dan het omzeilen van de cache

FORMATS
beschrijfbare formaten zijn

ga niet verder
Bestanden met het achtervoegsel ".ontology"

Deze slaan de ontologie DAG's op

go_def
Bestanden met het achtervoegsel ".defs"

ga_xref
Externe databaseverwijzingen voor GO-termen

Bestanden met het achtervoegsel "2go" (bijv. ec2go, metacyc2go)

ga_assoc
Annotaties van genen of genproducten met GO

Bestanden met het voorvoegsel "gen-associatie."

obo_tekst
Bestanden met het achtervoegsel ".obo"

Dit is een nieuwe vervanging van het bestandsformaat voor de bestaande GO flat-bestandsformaten. Het
behandelt ontologieën, definities en xref's (maar geen associaties)

obo_xml
Bestanden met het achtervoegsel ".obo.xml" of ".obo-xml"

Dit is de XML-versie van het platte OBO-bestandsformaat hierboven

proloog
prolog feiten - je hebt een prolog compiler/interpreter nodig om deze te gebruiken. Jij kan
reden over deze feiten met behulp van Obol of het aanstaande Bio-LP-project

tbl eenvoudige (lossy) tabelweergave

beknopte versie
kan worden gebruikt op zowel ontologiebestanden als associatiebestanden

padlijst
toont alle paden naar de root

uil OWL-formaat (standaard: OWL-DL)

OWL is een W3C-standaardformaat voor ontologieën

Je hebt de XSL-bestanden van de volledige go-dev-distributie nodig om dit uit te voeren; zie de XML
sectie inhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
een YAML-weergave van een GO::Model::Graph-object

obj_opslagbaar
Een dump van het perl GO::Model::Graph object. Je hebt hiervoor Opbergbaar van CPAN nodig om:
werk. Dit is bedoeld om objecten op het bestandssysteem te cachen, voor snelle toegang. De
obj_storable representatie is mogelijk niet draagbaar

tekst_html
Een html-ified OBO-uitvoerformaat

godb_prestore
XML die rechtstreeks wordt toegewezen aan het relationele schema van GODB (kan vervolgens worden geladen met
hert-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML die rechtstreeks wordt toegewezen aan het relationele schema van Chado (kan vervolgens worden geladen met
hert-storenode.pl)

DOCUMENTATIE
<http://www.godatabase.org/dev>

Gebruik go2fmtp online met behulp van onworks.net-services