Dit is de opdracht gt-chseqids die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gt-chseqids - Wijzig reeks-ID's volgens de toewijzing in een toewijzingsbestand.
KORTE INHOUD
gt chseqids [optie ...] mapping_file [GFF3_file]
PRODUCTBESCHRIJVING
-soort [ja|nee]
sorteer de GFF3-functies na het wijzigen van de reeks-ID's (geheugenverbruik is
proportioneel aan de grootte van het invoerbestand) (standaard: nee)
-v [ja|nee]
uitgebreid zijn (standaard: nee)
-o [bestandsnaam]
output omleiden naar gespecificeerd bestand (standaard: niet gedefinieerd)
-gzip [ja|nee]
schrijf gzip gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)
-bzip2 [ja|nee]
schrijf bzip2 gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)
-dwingen [ja|nee]
geforceerd schrijven naar uitvoerbestand (standaard: nee)
-Help
help weergeven en afsluiten
-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
Bestandsformaat voor mapping_file:
Het meegeleverde toewijzingsbestand definieert een toewijzingstabel met de naam “chseqids”. Het brengt de
sequence-regio-items gegeven in het GFF3_file met andere namen. Het kan worden gedefinieerd als
volgt:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Wanneer dit voorbeeld wordt gebruikt, worden alle reeks-ID's "chr1" gewijzigd in "seq1" en alles
reeks-ID's "chr2" tot "seq2".
RAPPORTAGE BUGS
Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.
Gebruik gt-chseqids online met behulp van onworks.net-services
