Dit is de opdracht gt-seed_extend die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gt-seed_extend - Bereken lokale uitlijningen met behulp van het Seed and Extend-algoritme.
KORTE INHOUD
gt seed_uitbreiden [optie ...] encseq_basisnaam [encseq_basisnaam]
PRODUCTBESCHRIJVING
-ii [snaar]
Invoerindex voor encseq-gecodeerde sequenties
-qi [snaar]
Query-invoerindex (encseq)
-zaadlengte [waarde]
Minimale lengte van een startstandaard: logaritme van invoerlengte ten opzichte van de basisalfabetgrootte
-diagbandbreedte [waarde]
Logaritme van diagonale bandbreedte (voor filter) (standaard: 6)
-minimale dekking [waarde]
Minimale dekking in twee aangrenzende diagonale banden (voor filter) standaard: 2.5 x
zaadlengte
-maxfreq [waarde]
Maximale frequentie van een k-mer (voor filter) (standaard: ongedefinieerd)
-geheugenlimiet [snaar]
Maximaal geheugengebruik om de maximale frequentie van een k-mer te bepalen (voor filter)
(standaard: ongedefinieerd)
-verlengxdrop [waarde]
Breid zaad naar beide kanten uit met behulp van het xdrop-algoritme, de parameter /noptionele specificeert
gevoeligheid (standaard: 97)
-xdropbeneden [waarde]
Geef de xdrop-cutoff-score op (0 betekent automatisch gedefinieerd, afhankelijk van de mini-identiteit)
-verleng hebzuchtig [waarde]
Breid zaad naar beide kanten uit met behulp van een hebzuchtig algoritme, optionele parameter specificeert
gevoeligheid (standaard: 97)
-l [waarde]
Minimale uitlijnlengte (voor zaadverlenging) (standaard: niet gedefinieerd)
-minidentiteit [waarde]
Minimale identiteit van overeenkomsten (voor zaadextensie) (standaard: 80)
-a [waarde]
toon uitlijningen/reeksen (optioneel argument is het aantal kolommen per regel) (standaard:
70)
-geen-achteruit [ja|nee]
bereken geen overeenkomsten op de omgekeerde gecomplementeerde streng (standaard: nee)
-geen-vooruit [ja|nee]
bereken geen overeenkomsten op de voorwaartse streng (standaard: nee)
-v [ja|nee]
uitgebreid zijn (standaard: nee)
-Help
help weergeven en afsluiten
-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
RAPPORTAGE BUGS
Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.
Gebruik gt-seed_extend online met behulp van onworks.net-services
