gtf2gff3p - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gtf2gff3 - Converteert GTF-geformatteerde bestanden naar geldige GFF3-bestanden

VERSIE

Dit document beschrijft versie 0.1

KORTE INHOUD

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_bestand > gff3_bestand

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit script converteert GTF-geformatteerde bestanden naar geldige GFF3-geformatteerde bestanden. Het zal in kaart brengen
de waarde in kolom 3 (kolom \"type\") is geldig voor SO, maar omdat veel niet-standaardtermen zijn
kan in die kolom verschijnen in GTF-bestanden, u kunt het configuratiebestand bewerken om uw eigen configuratiebestand op te geven
GTF-functie voor SO-toewijzing. Het script zal ook genmodellen bouwen van exons, CDS's en
andere functies gegeven in het GTF-bestand. Het wordt momenteel getest op Ensemble en Twinscan
GTF, en het zou moeten werken op alle andere bestanden die dezelfde specificatie volgen. Het doet
werken niet op GTF vanuit de UCSC-tabelbrowser omdat deze bestanden dezelfde ID voor gen gebruiken
en transcript, dus het is onmogelijk om meerdere transcripten tot een gen te groeperen. Zie de
README die bij het script is geleverd voor meer informatie.

OPTIES:

--vgl
Geef de bestandsnaam op voor een configuratiebestand. Zie het configuratiebestand dat hierbij wordt meegeleverd
script voor formaatdetails. Gebruik dit configuratiebestand om het gedrag van de
script. Als er geen configuratiebestand wordt opgegeven, zoekt het naar ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg in die volgorde.

--help
Geef een gedetailleerd Help-bericht in de stijl van de manpagina op en sluit vervolgens af.

DIAGNOSE

"FOUT: ontbrekende of niet-standaard kenmerken: parse_attributes"
Een regel in het GTF-bestand had geen attributen, of de attributenkolom was dat wel
onparseerbaar.

"FOUT: Niet-transcript-genfunctie wordt niet ondersteund. Neem contact op met de auteur voor ondersteuning:
build_gene"
Deze waarschuwing geeft aan dat een regel is overgeslagen omdat deze een niet-transcriptie bevatte
genfunctie, en de code is momenteel niet uitgerust om dit type functie te verwerken.
Dit is waarschijnlijk niet zo moeilijk om toe te voegen, dus neem contact met mij op als u deze foutmelding krijgt en dat ook zou doen
wil graag dat deze functies worden ondersteund.

"ERROR: Moet minimaal exons of CDS's hebben om een ​​transcript te bouwen: build_trnsc"
Sommige functies hadden een transcript_id en toch waren er geen exons of CDS's aan gekoppeld
die transcript_id, zodat het script geen transcript kon maken.

"FOUT: seq_id-conflict: validate_and_finish_trnsc"
Er zijn twee functies gevonden binnen hetzelfde transcript die niet dezelfde seq_id delen.

"FOUT: bronconflict: validate_and_finish_trnsc"
Er zijn twee kenmerken gevonden in hetzelfde transcript die niet dezelfde bron delen.

"FOUT: typeconflict: validate_and_finish_trnsc"
Er zijn twee kenmerken gevonden in hetzelfde transcript waarvan werd verwacht dat ze hetzelfde zouden delen
typen en toch deden ze dat niet.

"FOUT: strengconflict: validate_and_finish_trnsc"
Ik heb twee kenmerken gevonden binnen hetzelfde transcript die niet dezelfde streng deelden.

"FOUT: seq_id-conflict: validate_and_build_gene"
Ik heb twee kenmerken binnen hetzelfde gen gevonden die niet dezelfde seq_id hadden.

"FOUT: bronconflict: validate_and_build_gene"
Ik vond twee kenmerken binnen hetzelfde gen die niet dezelfde bron hadden.

"FOUT: strengconflict: validate_and_build_gene"
Ik heb twee kenmerken gevonden binnen hetzelfde gen die niet dezelfde streng delen.

"FOUT: gen_id-conflict: validate_and_build_gene"
Er zijn twee kenmerken gevonden binnen hetzelfde gen die niet dezelfde gen_id delen.

"FATAL: Kan GTF-bestand: bestandsnaam niet openen om te lezen."
Kan het GTF-bestand niet openen om te lezen.

"FATAL: Exons of CDS's nodig om transcripties te maken: process_start"
Er was een start_codon-functie geannoteerd en toch waren er geen exons of CDS's aan gekoppeld
met die transcript_id zodat het script mislukte.

"FATAL: Niet-geteste code in process_start. Neem contact op met de auteur voor ondersteuning."
Het script is geschreven om een ​​startcodon af te leiden op basis van de aanwezigheid van een 5'-UTR, maar wij
hadden geen voorbeeld-GTF van dit type toen we de code schreven, dus hebben we het proces liever beëindigd
dan ongeteste code uitvoeren. Neem contact op met de auteur voor ondersteuning.

"FATAL: Ongeldige functieset: process_start"
We hebben geprobeerd alle mogelijke manieren te overwegen om een ​​startcodon af te leiden of een niet-
coderend gen, en toch hebben we gefaald. Jouw combinatie van genkenmerken maakt het niet
zin voor ons. Deze foutmelding zou nooit mogen optreden, en als dat wel het geval is, willen we dat graag zien
het GTF-bestand dat het heeft gegenereerd. Neem voor ondersteuning contact op met de auteur.

"FATAL: Exons of CDS's nodig om transcripties te maken: process_stop"
Er was een stop_codon-functie geannoteerd en toch waren er geen exons of CDS's aan gekoppeld
die transcript_id zodat het script mislukte.

"FATAL: Niet-geteste code in process_stop. Neem contact op met de auteur voor ondersteuning."
Het script is geschreven om een ​​stopcodon af te leiden op basis van de aanwezigheid van een 3'-UTR, maar wij
hadden geen voorbeeld-GTF van dit type toen we de code schreven, dus hebben we het proces liever beëindigd
dan ongeteste code uitvoeren. Neem contact op met de auteur voor ondersteuning.

"FATAL: Ongeldige functieset: process_stop"
We hebben geprobeerd alle mogelijke manieren te overwegen om een ​​stopcodon af te leiden of een niet-
coderend gen, en toch hebben we gefaald. Jouw combinatie van genkenmerken maakt het niet
zin voor ons. Deze foutmelding zou nooit mogen optreden, en als dat wel het geval is, willen we dat graag zien
het GTF-bestand dat het heeft gegenereerd. Neem voor ondersteuning contact op met de auteur.

"FATAL: Ongeldige functieset: process_exon_CDS_UTR"
We hebben geprobeerd alle mogelijke manieren te overwegen om exons, CDS's en UTR's af te leiden, en toch hebben we dat gedaan
mislukt. Jouw combinatie van genkenmerken is voor ons niet logisch. Jij echt
zou deze foutmelding ooit moeten krijgen, en als dat het geval is, willen we graag het GTF-bestand zien
het gegenereerd. Neem voor ondersteuning contact op met de auteur.

"FATAL: Arrayreferentie vereist: sort_features."
Een gebruiker zou deze fout niet moeten kunnen activeren. Het duidt vrijwel zeker op een
softwarefout. Neem contact op met de auteur.

"FATAL: Kan de streng in: sort_feature_types niet bepalen."
Dit kan erop wijzen dat uw GTF-bestand niet de streng aangeeft voor functies die
vereisen het. Het kan ook duiden op een softwarefout. Neem contact op met de auteur.

"FATAL: Hash-referentie vereist: sort_feature_types."
Een gebruiker zou deze fout niet moeten kunnen activeren. Het duidt vrijwel zeker op een
softwarefout. Neem contact op met de auteur.

"FATAL: Ongeldige waarde doorgegeven aan streng: streng."
Dit kan erop wijzen dat uw GTF-bestand niet de streng aangeeft voor functies die
vereisen het. Overweeg het gebruik van de parameter DEFAULT_STRAND in het configuratiebestand. Het kan
duidt ook op een softwarefout. Neem contact op met de auteur.

CONFIGURATIE EN MILIEU

Bij dit script wordt een configuratiebestand meegeleverd. Het script zal daarnaar zoeken
configuratiebestand in ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg of /etc/gtf2gff3.cfg in die volgorde.
Als het configuratiebestand niet op een van deze locaties wordt gevonden en er geen is verstrekt
via de vlag --cfg zal het proberen een aantal redelijke standaardwaarden te kiezen, maar dat zou je echt moeten doen
het configuratiebestand. Zie het meegeleverde configuratiebestand zelf en de README
die bij dit pakket is geleverd voor het formaat en details over het configuratiebestand.

AFHANKELIJKHEDEN

Voor dit script zijn de volgende perl-pakketten vereist die verkrijgbaar zijn bij CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Lang; gebruik Config::Std;

INCOMPATIBILITEITEN

Geen gemeld.

Gebruik gtf2gff3p online met behulp van onworks.net-services