hhconsensus - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hhconsensus - bereken de consensussequentie voor een A3M/FASTA-invoerbestand

KORTE INHOUD

hhconsensus -i [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

HHconsensus versie 2.0.16 (januari 2013) Bereken de consensussequentie voor een
A3M/FASTA-invoerbestand. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A en Soding J. HHblits: bliksemsnelle iteratief
zoeken naar eiwitsequenties door HMM-HMM-uitlijning. Nat. Methoden 9:173-175 (2011).

-i
query-uitlijning (A2M, A3M of FASTA) of query-HMM

uitgang opties:
-s
voeg consensussequentie toe in FASTA (standaard = )

-o
schrijf uitlijning met consensussequentie in A3M

-oa3m
dezelfde

-oa2m
schrijf uitlijning met consensussequentie in A2M

-ofas
schrijf uitlijning met consensussequentie in FASTA

-v
uitgebreide modus: 0: geen schermuitvoer 1: alleen waarschuwingen 2: uitgebreide

FILTER invoer opstelling (opties wel be gecombineerd):
-ID kaart [0,100] maximale paarsgewijze sequentie-identiteit (%) (def=100)

-verschil [0,inf[ filtert de meest uiteenlopende reeksen reeksen, waarbij deze minimaal behouden blijft

veel reeksen in elk blok van >50 kolommen (def=0)

-cov [0,100] minimale dekking met query (%) (def=0)

-goed [0,100] minimale sequentie-identiteit met query (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimale score per kolom met query (def=-20.0)

Invoer opstelling formaat:
-M a2m gebruik A2M/A3M (standaard): hoofdletters = Match; kleine letter = Invoegen; '-' = Verwijderen; '.' =
openingen uitgelijnd met inzetstukken (kan worden weggelaten)

-M eerste
gebruik FASTA: kolommen met een residu in de 1e reeks zijn match-statussen

-M [0,100]
gebruik FASTA: kolommen met minder dan X% tussenruimten zijn overeenkomststatussen

Overige opties:
-toevoegen voorspelde secundaire structuurinformatie van PSIPRED toevoegen

Voorbeeld: hhconsensus -i stdin -s stdout

Gebruik hhconsensus online met behulp van onworks.net-services