Dit is de opdracht hmm2emit die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
hmm2emit - genereer reeksen uit een profiel HMM
KORTE INHOUD
hmm2uitzenden [Opties] hmmbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
hmm2uitzenden leest een HMM-bestand uit hmmbestand die een of meer HMM's bevat, en genereert een
aantal sequenties van elke HMM; of, als de -c optie is geselecteerd, genereer er een
meerderheidsconsensus. Dit kan handig zijn voor verschillende toepassingen waarbij men een
simulatie van sequenties consistent met een consensus over de sequentiefamilie.
Standaard hmm2uitzenden genereert 10 sequenties en voert deze uit in FASTA-formaat (niet-uitgelijnd).
OPTIES
-a Schrijf de gegenereerde reeksen in een uitgelijnd formaat (SELEX) in plaats van FASTA.
-c Voorspel een enkele consensusreeks op meerderheidsbasis in plaats van bemonsteringsreeksen
uit de waarschijnlijkheidsverdeling van de HMM. Sterk geconserveerde residuen (p >= 0.9 voor
DNA, p >= 0.5 voor eiwit) worden in hoofdletters weergegeven; andere worden in kleine letters weergegeven.
Sommige insert-staten kunnen onderdeel worden van de meerderheidsconsensus, omdat ze dat ook zijn
gebruikt in >= 50% van de gegenereerde sequenties; wanneer dit gebeurt, worden door inserts gegenereerde residuen gevormd
worden eenvoudigweg weergegeven als "x".
-h Korte hulp afdrukken; inclusief versienummer en overzicht van alle opties, inclusief
deskundige opties.
-n Genereer opeenvolgingen. Standaard is 10.
-o Sla de synthetische sequenties op in een bestand in plaats van ze naar stdout te schrijven.
-q Rustig; alle uitvoer onderdrukken, behalve de sequenties zelf. Handig voor leidingen
of het sturen van de output.
EXPERT OPTIES
--zaad
Stel het willekeurige zaad in op , WAAR is een positief geheel getal. De standaard is om te gebruiken
tijd() om voor elke run een ander zaadje te genereren, wat betekent dat er twee verschillende zijn
loopt weg hmm2uitzenden op dezelfde HMM zal iets andere resultaten opleveren. Je kunt gebruiken
deze optie om reproduceerbare resultaten te genereren.
Gebruik hmm2emit online met behulp van onworks.net-services
