Dit is de opdracht hmmalign die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
hmmalign - lijn sequenties uit met een profiel HMM
KORTE INHOUD
hmm uitlijnen [Opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
Voer een uitlijning van meerdere sequenties uit van alle sequenties in door ze uit te lijnen
individueel naar het profiel HMM in . De nieuwe uitlijning wordt uitgevoerd naar stdout in
Stockholm-formaat.
De mag slechts één profiel bevatten. Als er meer zijn, alleen de eerste
profiel in het bestand zal worden gebruikt.
Een van beide or (maar niet beide) kan '-' (streepje) zijn, wat betekent dat je dit moet lezen
invoer van stdin in plaats van een bestand.
De reeksen in zijn uitgelijnd in de unihit lokale uitlijningsmodus. Daarom zij
Het zou al bekend moeten zijn dat het slechts één domein (of een fragment daarvan) bevat. De
optimale uitlijning kan sommige residuen als niet-homoloog toewijzen (N- en C-toestanden), waarbij
In dat geval zijn deze residuen nog steeds opgenomen in de resulterende uitlijning, maar naar de buitenzijde geschoven
randen. Om deze niet-uitgelijnde niet-homologe residuen uit het resultaat te verwijderen, zie de --trimmen
optie.
OPTIES
-h Helpen; print een korte herinnering aan het gebruik van de opdrachtregel en alle beschikbare opties.
-o Leid de uitvoeruitlijning naar een bestand , in plaats van naar stevig.
--mapali
Voeg de bestaande uitlijning samen in een bestand in het resultaat, waar is precies de
dezelfde uitlijning die werd gebruikt om het model in te bouwen . Dit gebeurt met behulp van een
kaart van uitlijningskolommen naar consensusprofielposities die is opgeslagen in de
. De meervoudige uitlijning in zal precies worden gereproduceerd in zijn
consensuskolommen (zoals gedefinieerd door het profiel), maar de weergegeven uitlijning in
invoegkolommen kunnen worden gewijzigd, omdat invoegingen relatief aan een profiel zijn
volgens afspraak beschouwd als niet-uitgelijnde gegevens.
--trimmen Trim niet-homologe residuen (toegewezen aan N- en C-toestanden in de optimale uitlijningen)
uit de resulterende meervoudige uitlijningsuitvoer.
--amino
Geef op dat alle reeksen in zijn eiwitten. Het alfabettype is standaard
automatisch gedetecteerd door te kijken naar de residusamenstelling.
--DNA Geef op dat alle reeksen in zijn DNA's.
--na Geef op dat alle reeksen in zijn RNA's.
--informeren
Verklaar dat de invoer is in formaat . Geaccepteerde sequentiebestandsformaten
omvatten FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm en SELEX. Standaard is dit
automatisch het formaat van het bestand detecteren.
--uitformatteren
Geef op dat de uitvoermeervoudige uitlijning een opmaak heeft . Momenteel is de
geaccepteerde bestandsformaten met meerdere uitlijningsreeksen omvatten alleen Stockholm en SELEX.
Gebruik hmmalign online met behulp van onworks.net-services
