hmmfetch - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hmmfetch - haal profiel-HMM('s) op uit een bestand

KORTE INHOUD

hmm ophalen [Opties]
(haalt HMM op genaamd )

hmm ophalen -f [Opties]
(haalt alle HMM's op die zijn vermeld in )

hmm ophalen --inhoudsopgave [Opties]
(indexen voor ophalen)

PRODUCTBESCHRIJVING

Haalt snel een of meer profiel-HMM's op uit een (een grote Pfam-database, voor
voorbeeld).

Voor maximale snelheid is de moet eerst worden geïndexeerd met behulp van hmm ophalen --inhoudsopgave. De
index is een binair bestand met de naam .ssi. Dit is echter optioneel en het ophalen zal wel gebeuren
werken nog steeds vanuit niet-geïndexeerde bestanden, zij het veel langzamer.

De standaardmodus is het ophalen van één enkel profiel op naam of toetreding, genaamd de .
Bijvoorbeeld:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Met de -f optie, een die een lijst met een of meer sleutels bevat, wordt in plaats daarvan gelezen.
Het eerste door witruimte gescheiden veld op elke niet-lege regel zonder commentaar van de
wordt gebruikt als een en eventuele resterende gegevens op de lijn worden genegeerd. Dit maakt variatie mogelijk
van door spaties gescheiden gegevensbestanden die moeten worden gebruikt als S.

Tijdens gebruik -f en , als hmmbestand is geïndexeerd, worden de sleutels opgehaald in de
volgorde waarin ze voorkomen in de sleutelbestand, maar als hmmbestand niet is geïndexeerd, worden sleutels opgehaald in de
volgorde waarin ze voorkomen in de hmmbestand. Dit is een neveneffect van een implementatie die dit wel mogelijk maakt
meerdere sleutels kunnen worden opgehaald, zelfs als de is een niet-terugspoelbare stroom, zoals a
standaard invoerleiding.

Bij normaal gebruik (zonder --inhoudsopgave or -f opties), kan '-' (streepje) zijn, wat betekent
input lezen van stdin in plaats van een bestand. Met de --inhoudsopgave keuze, mag niet
zijn '-'; het heeft geen zin om een ​​standaard invoerstroom te indexeren. Met de -f keuze,
beide or (maar niet beide) mag '-' zijn. Het is vaak bijzonder nuttig
lezen van standaardinvoer, omdat dit het gebruik van willekeurige opdrachten mogelijk maakt
regelaanroepen om een ​​lijst met HMM-namen of toetredingen te maken en deze vervolgens allemaal op te halen naar een nieuw bestand
bestand, met slechts één opdracht.

Standaard worden opgehaalde HMM's afgedrukt naar standaarduitvoer in HMMER3-indeling.

OPTIES

-h Helpen; print een korte herinnering aan het gebruik van de opdrachtregel en alle beschikbare opties.

-f Het tweede opdrachtregelargument is a in plaats van een enkele . De
eerste veld op elke regel van de wordt gebruikt als ophaalactie (een HMM-naam
of toetreding). Lege regels en commentaarregels (die beginnen met een #-teken) zijn dat wel
buiten beschouwing gelaten.

-o Voer HMM('s) uit naar bestand in plaats van naar standaarduitvoer.

-O Voer HMM('s) uit naar individuele bestanden met de naam in plaats van standaarduitvoer. Met
de -f optie, kan dit ertoe leiden dat er veel bestanden worden gemaakt.

--inhoudsopgave
In plaats van één of meerdere profielen op te halen , indexeer de For
toekomstige ophaalacties. Hierdoor ontstaat een .ssi binair indexbestand.

Gebruik hmmfetch online met behulp van onworks.net-services