idba - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler voor hybride sequencing-gegevens

KORTE INHOUD

idba_hybride -r lees.fa -o uitvoer_dir [--verwijzing ref.fa]

PRODUCTBESCHRIJVING

IDBA-Tran is een iteratieve De Bruijn Graph De Novo short read assembler voor transcriptoom.
Het is een puur de novo assembler gebaseerd op alleen RNA-sequencing-uitlezingen. IDBA-Tran gebruikt lokaal
assemblage om ontbrekende k-meren te reconstrueren in transcripten met lage expressie en vervolgens gebruik te maken van
progressieve afsnijding op contigs om de grafiek in componenten te scheiden. Elk onderdeel
komt in de meeste gevallen overeen met één gen en bevat niet veel transcripten. een heuristiek
algoritme op basis van pair-end reads wordt vervolgens gebruikt om de isovormen te vinden.

OPTIES

-o, --uit arg (=uit)
uitvoermap

-r, --lezen arg
fasta leesbestand (<=128)

--lees_niveau_2 arg
paired-end leest fasta voor steigers op het tweede niveau

--lees_niveau_3 arg
paired-end leest fasta voor steigers van het derde niveau

--lees_niveau_4 arg
paired-end leest fasta voor steigers op het vierde niveau

--lees_niveau_5 arg
paired-end leest fasta voor steigers van het vijfde niveau

-l, --lang lezen arg
fasta lang gelezen bestand (>128)

--verwijzing arg
referentie genoom

--nerts argument (=20)
minimale k-waarde (<=124)

--maxk argument (=100)
maximale k-waarde (<=124)

--stap argument (=20)
toename van k-mer van elke iteratie

--inner_nerts argument (=10)
innerlijke minimale k-waarde

--innerlijke_stap argument (=5)
innerlijke toename van k-mer

--voorvoegsel argument (=3)
prefix lengte gebruikt om sub k-mer tabel te bouwen

--min_telling argument (=2)
minimale multipliciteit voor het filteren van k-mer bij het bouwen van de grafiek

--min_ondersteuning argument (=1)
minimale ondersteuning in elke iteratie

--aantal_threads argument (=0)
aantal draden

--seed_kmer argument (=30)
zaad kmer maat voor uitlijning

--min_contig argument (=200)
minimale grootte van contig

--min_regio argument (=500)
minimale grootte van de regio in het referentiegenoom

--vergelijkbaar argument (=0.95)
gelijkenis voor uitlijning

--max_mismatch argument (=3)
maximale mismatch van foutcorrectie

--min_paren argument (=3)
minimum aantal paren

--max_afstand argument (=50)
maximale afstand in referentie

--geen_lokaal
gebruik geen lokale montage

--geen dekking
niet herhalen op dekking

--geen_juist
doe geen correctie

--pre_correctie
pre-correctie uitvoeren vóór montage

Gebruik idba online met onworks.net-services