idfetch - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

idfetch - haal biologische gegevens op van de NCBI ID1-server

KORTE INHOUD

ID ophalen [-] [-F str] [-G bestandsnaam] [-Q bestandsnaam] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l bestandsnaam] [-n] [-o bestandsnaam] [-q str] [-s str] [-t N]

PRODUCTBESCHRIJVING

ID ophalen is een client voor de ID1-server van NCBI, die een grote database met geannoteerde bestanden bevat
biologische sequenties.

OPTIES

Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden.

- Gebruiksbericht afdrukken

-F str Voeg de opgegeven functietypen toe (door komma's gescheiden); toegestane waarden zijn CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA en microRNA.

-G bestandsnaam
Bestand met lijst met GI's, (versieversies) toetredingen, FASTA SeqID's om te dumpen

-Q bestandsnaam
Genereer GI-lijst door Entrez-query in bestandsnaam; vereist -dn or -dp.

-c N Maximale complexiteit:
0 haal de hele blob op (standaard)
1 verkrijg de bioseq van belang
2 verkrijg de minimale bioseq-set die de bioseq van belang bevat
3 verkrijg de minimale nuc-prot die de bioseq van belang bevat
4 verkrijg de minimale pubset met de bioseq van belang

-d str Te gebruiken database (met -q, Kan allebei n voor nucleotiden of p voor eiwitten).

-e N Entiteitsnummer (ophaalnummer) om te dumpen

-f str Afgevlakte SeqId. Mogelijke formaten:
type dan: ([naam][,[toetreding][,[los][,versie]]]) als '5(HUMHBB)'
type dan: =toetreding
type dan: :aantal
( type dan: is een getal dat het subtype ASN.1 Seq-id aangeeft.)

-g N GI-ID voor één entiteit die moet worden gedumpt

-i N Type zoekopdracht:
0 krijg Seq-invoer (standaard)
1 krijg GI-status (uitvoer naar stderr)
2 ontvang SeqIds
3 krijg GI-geschiedenis (alleen volgordewijziging)
4 revisiegeschiedenis ophalen (elke wijziging in ASN.1)

-l bestandsnaam
Logbestand

-n Voer alleen de lijst met GI's uit (met -q en -Q).

-o bestandsnaam
Bestandsnaam voor uitvoer (standaard = stdout)

-q str Genereer een gi-lijst via Entrez-query. Vereist -dn or -dp.

-s str FASTA-stijl SeqId INGESLOTEN IN QUOTES. Formaten:
lcl|int or str
bbs|int
bm|int
gb|ACC|loc
emb|ACC|loc
pi|ACC|naam
sp|ACC|naam
klop|Land|octrooi|seq
g|int
dbj|ACC|loc
pff|ACC|naam
pdb|toegang|keten

-t N Uitgangstype:
1 tekst ASN.1 (standaard)
2 binaire ASN.1
3 GenBank (alleen Seq-invoer)
4 GenPept (alleen Seq-invoer)
5 FASTA (tabel voor geschiedenis)
6 kwaliteitsscores (alleen Seq-invoer)
7 Entrez DocSums
8 FASTA omgekeerde aanvulling

Gebruik idfetch online met behulp van onworks.net-services