het EngelsFransSpaans

Servers draaien | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-favicon

idfetch - Online in de cloud

Voer idfetch uit in de gratis hostingprovider van OnWorks via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht idfetch die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


idfetch - biologische gegevens ophalen van de NCBI ID1-server

KORTE INHOUD


idfetch [-] [-F str] [-G bestandsnaam] [-Q bestandsnaam] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l bestandsnaam] [-n] [-o bestandsnaam] [-q str] [-s str] [-t N]

PRODUCTBESCHRIJVING


idfetch is een client voor de ID1-server van NCBI, die een grote database met geannoteerde
biologische sequenties.

OPTIES


Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden.

- Gebruiksbericht afdrukken

-F str Voeg de gespecificeerde functietypes toe (gescheiden door komma's); toegestane waarden zijn CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA en microRNA.

-G bestandsnaam
Bestand met lijst van GI's, (versie-)toetredingen, FASTA SeqID's om te dumpen

-Q bestandsnaam
Genereer GI-lijst door Entrez-query in bestandsnaam; vereist -dn or -dp.

-c N Maximale complexiteit:
0 de hele blob ophalen (standaard)
1 haal de bioseq van belang
2 haal de minimale bioseq-set met de bioseq van belang
3 haal de minimale nuc-prot met de bioseq van belang
4 haal de minimale pub-set met de bioseq van belang

-d str Database om te gebruiken (met -q, Kan allebei n voor nucleotiden of p voor eiwitten).

-e N Entiteitsnummer (ophaalnummer) om te dumpen

-f str Afgeplatte SeqId. Mogelijke formaten:
type dan: ([naam][,[toetreding][,[los][,versie]]]) als '5(HUMHBB)'
type dan: =toetreding
type dan: :aantal
( type dan: is een getal dat het ASN.1 Seq-id-subtype aangeeft.)

-g N GI-ID voor enkele entiteit om te dumpen

-i N Type zoekactie:
0 get Seq-invoer (standaard)
1 krijg GI-status (uitvoer naar stderr)
2 krijgen SeqIds
3 haal GI-geschiedenis op (alleen volgordewijziging)
4 krijg revisiegeschiedenis (elke wijziging in ASN.1)

-l bestandsnaam
Logbestand

-n Voer alleen de lijst met GI's uit (met -q en -Q).

-o bestandsnaam
Bestandsnaam voor uitvoer (standaard = stdout)

-q str Genereer gi-lijst door Entrez-query. Vereist -dn or -dp.

-s str FASTA stijl SeqId INGESLOTEN IN OFFERTES. formaten:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
nl|ACC|loc
emb|ACC|loc
pir|ACC|naam
sp|ACC|naam
aai|land|octrooi|seq
gi|int
dbj|ACC|loc
prf|ACC|naam
pdb|toegang|keten

-t N Uitgangstype:
1 tekst ASN.1 (standaard)
2 binaire ASN.1
3 GenBank (alleen Seq-invoer)
4 GenPept (alleen Seq-invoer)
5 FASTA (tabel voor geschiedenis)
6 kwaliteitsscores (alleen Seq-entry)
7 Entrez DocSums
8 FASTA omgekeerd complement

Gebruik idfetch online met onworks.net-services


Ad


Ad