onuitwisbaar - Online in de Cloud

PROGRAMMA:

NAAM

onuitwisbaar - krachtige en flexibele simulator van biologische evolutie

KORTE INHOUD

onuitwisbaar

Er kunnen geen opties worden doorgegeven via de opdrachtregel.

PRODUCTBESCHRIJVING

onuitwisbaar kan de evolutie van meervoudig gepartitioneerde nucleotide, aminozuur of codon simuleren
gegevenssets via de processen van continu invoegen, verwijderen en vervangen
tijd. Alle gangbare evolutionaire modellen worden ondersteund.

De volledige documentatie voor onuitwisbaar is beschikbaar onder
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

CONFIGURATIE

onuitwisbaar leest de instellingen voor een simulatie die wordt uitgevoerd vanuit een bestand met de naam controle.txt in de
huidige map. Het bestand is opgesplitst in blokken, waarbij elk blok er één beheert
specifiek aspect van de simulatie. Blokken kunnen nog meer subblokken bevatten. Opmerkingen kunnen
worden gegeven in C- of C++-stijl. Als onuitwisbaar wordt uitgevoerd zonder dat er een controlebestand aanwezig is, een
voorbeeldbestand wordt gegenereerd.

[TYPE] type dan:
Elk controlebestand moet beginnen met a TYPE blok. De mogelijke typen zijn NUCLEOTIDE,
AMINOZUUR en CODON.

[INSTELLINGEN]
Dit blok specificeert niet-essentiële gebruikersvoorkeuren, zoals uitvoerbestandstypen en
formaten, zaden voor de willekeurige nummergenerator en of er gedetailleerd moet worden uitgevoerd
rapporten.

[MODEL] modelnaam
Dit blok start een nieuw evolutionair model dat voor simulatie kan worden gebruikt. De
specifieke parameters, waaronder substitutiemodellen, indel-snelheden en codon-site
modellen worden bestuurd via submodellen. modelnaam kan elke naam naar keuze zijn.

[BOOM] boomnaam newick
Dit blok wordt gebruikt om een ​​gidsboom met de opgegeven naam te specificeren boomnaam.
Evolutionaire afstanden worden weergegeven als taklengtes voor de boom in NEWICK
formaat.

[TAKKEN]
Deze blokken worden gebruikt om niet-stationaire en niet-homogene processen te simuleren.
Er kunnen verschillende modellen worden gespecificeerd op verschillende takken van de geleidingsboom
takken hebben verschillende modellen van substitutie, lengteverdeling en tarief
heterogeniteit, basissamenstelling etc.

[PARTITIES] partitienaam
Tijdens elke run kunnen meerdere sequentiepartities worden gesimuleerd. Voor elke partitie
de gidsboom, het evolutiemodel en de sequentielengte moeten worden gespecificeerd.

[ONTWIKKELEN]
Binnen dit blok kunnen meerdere replica's van een partitie worden gegenereerd.

COPYRIGHT

Copyright © 2010 William Fletcher Licentie GPLv3+: GNU GPL versie 3 of hoger.
Dit is gratis software: u bent vrij om deze te wijzigen en opnieuw te verspreiden. Er is GEEN GARANTIE,
voor zover toegestaan ​​door de wet. De volledige licentietekst is beschikbaar op
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

ACKNOWLEDGMENTS

William Fletcher en Ziheng Yang (2009). ONuitwisbaar: een flexibele simulator van biologisch
Sequentie-evolutie, Moleculair Biologie en evolutie, 26(8) 1879-1888.

Gebruik onuitwisbaar online met behulp van onworks.net-services