Dit is de opdracht ipig die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
ipig - PSM's integreren in genoombrowservisualisaties
KORTE INHOUD
ipig <psm bestand> |-g|-c|-cg [ ]
PRODUCTBESCHRIJVING
iPiG richt zich op de integratie van peptidespectrummatches (PSM's) uit massaspectrometrie
(MS) peptide-identificaties in genomische visualisaties geleverd door genoombrowser dergelijke
als de UCSC-genoombrowser (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG neemt PSM's over van het MS-standaardformaat mzIdentML (*.mzid) of in tekstformaat en
levert resultaten in genoomtrackformaten (BED- en GFF3-bestanden), die eenvoudig kunnen worden gemaakt
geïmporteerd in genoombrowsers.
OPTIES
<psm bestand>
geeft het bestand aan met de peptidespectrumovereenkomsten (mzid/txt)
-g, -gui
start de grafische gebruikersinterface van iPiG
-c, -controle
start de gencontrole, de benodigde bestanden moeten in de configuratie worden aangegeven
filet
-cg, -controlegui
start de grafische gebruikersinterface van de gencontrole
-d, -downloaders
start de download-gui
er kan een ander configuratiebestand worden aangegeven (anders wordt ipig.conf geladen door
standaard)
aanvullende vereisten:
Als je een niet-gui-modus gebruikt, moet een configuratiebestand (standaard ipig.conf) er meerdere bevatten
aanvullende parameters, bijv. aanduiding van het referentiegenoom enz.
in een gui-modus (-g en -cg), kunnen aanvullende parameters op twee manieren worden aangegeven, binnen
de interface of ook met een configuratiebestand.
kijk eens in readme.txt en ipig.conf voor voorbeelden en meer details over de
aanvullende parameters
Gebruik ipig online met behulp van onworks.net-services
