Dit is het commando kmer-mask dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
kmer-masker - masker- en filterset van nucleotidesequenties op kmer-inhoud
KORTE INHOUD
kmer-masker {-roman|-bevestigd} [-mdb meer-database] [-Mevrouw mer-maat] [-edb exist-database] [-m
minimale maat] [-e uitbreidingsgrootte] [-lage drempel l] [-hoogdrempel h] [-t schroefdraad] [-v] [-h
histogram] [-promoten|-degraderen|-weggooien] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o output-voorvoegsel
PRODUCTBESCHRIJVING
Masker- en filterreeksen (vermoedelijk gelezen) op kmer-inhoud. Maskeren kan
gedaan om nieuwe sequenties te behouden die niet in de database staan, of om bevestigde sequenties aanwezig te houden
in de databank. Door te filteren worden sequenties volledig, gedeeltelijk of niet gemaskeerd gescheiden.
OPTIES
-mdb meer-database
maskerende kmers laden van meryl(1) meer-database
-Mevrouw mer-maat
-edb exist-database
sla maskerende kmers op in een bestaanDB(1) bestand exist-database voor een snellere herstart
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
invoer leest bestanden in fastq, fastq.gz, fastq.bz2 of fastq.xz formaat. De tweede is
optioneel, maar verknoeit de uitvoerclassificatie als deze niet aanwezig is.
-o uit
voorvoegsel voor uitvoerlezingen
uit.volledig gemaskeerd.[12].fastq
leest met onderstaande 'laagdrempelige' basen behouden
uit.gedeeltelijk gemaskeerd.[12].fastq
leest tussendoor
uit.behouden.[12].fastq
leest met meer dan 'hoogdrempelige' basen behouden
uit.weggegooid.[12].fastq
leest met een conflicterende status
-m minimale maat
negeer databasehits onder dit aantal opeenvolgende kmers (0)
-e verleng-grootte
databasehits uitbreiden over zoveel ontbrekende kmers (0)
-roman BEHOUD nieuwe sequentie die niet aanwezig is in de database
-bevestigd
RETAIN bevestigde sequentie aanwezig in de database
-promoten
promoot de mindere RETAINED read tot de status van de meer RETAINED read
read1=volledig gemaskeerd en read2=gedeeltelijk gemaskeerd -> beide zijn gedeeltelijk gemaskeerd
-degraderen
degradeer de meer RETAINED-lezing naar de status van de mindere RETAINED-lezing
read1=volledig gemaskeerd en read2=gedeeltelijk gemaskeerd -> beide zijn volledig gemaskeerd
-weggooien
verwijder paren met conflicterende status (DEFAULT) read1=volledig gemaskeerd en
read2=gedeeltelijk gemaskeerd -> beide worden weggegooid
stats on stderr, aantal of sequenties Met bedragen BEHOUDEN:
-lage drempel t
(0.3333)
-hoogdrempel t
(0.6667)
-h histogram
schrijf een histogram van de hoeveelheid sequentie RETAINED
-t t . t rekenthreads
-v voortgang laten zien
Gebruik kmer-mask online met behulp van onworks.net-services
