locuspocus - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

locuspocus - bereken locuscoördinaten voor de gegeven genannotatie

KORTE INHOUD

locuspocus [opties] gff3bestand1 [gff3bestand2 gff3bestand3 ​

PRODUCTBESCHRIJVING

Basis opties:

-d|--debuggen
print gedetailleerde foutopsporingsberichten naar terminal (standaardfout)

-h|--help
druk dit helpbericht af en sluit af

-v|--versie
versienummer afdrukken en afsluiten

iLocus-parsering:

-l|--delta: INT
gebruik bij het ontleden van intervalloci de volgende delta om genloci uit te breiden en op te nemen
potentiële regelgevende regio's; standaard is 500

-s|-- slaat over
sluit bij het opsommen van intervalloci niet-geannoteerde (en vermoedelijk onvolledige) uit
iLoci aan beide uiteinden van de reeks

-e|--eindelijk
rapporteer alleen onvolledige iLocus-fragmenten aan de niet-geannoteerde uiteinden van reeksen
(aanvulling op -- slaat over)

-y|--overslaan
rapporteer geen intergene iLoci

Verfijningsopties:

-r|--verfijnen
standaard zijn genen gegroepeerd in dezelfde iLocus als ze enige overlap hebben; 'verfijnen'
modus zorgt voor een meer genuanceerde behandeling van overlappende genen

-c|--cd's
gebruik CDS in plaats van UTR's voor het bepalen van genoverlap; impliceert de modus 'verfijnen'

-m|--minoverlap: INT
het minimale aantal nucleotiden dat twee genen moeten overlappen om in hetzelfde te worden gegroepeerd
iLocus; standaard is 1

Uitvoeropties:

-n|--naamfmt: STR
geef een opmaaktekenreeks in printf-stijl op om de standaard ID-opmaak voor nieuw te overschrijven
gecreëerde loci; standaard is 'locus%lu' (locus1, locus2, enz.) voor loci en 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, enz.) voor intervalloci; merk op dat de opmaakreeks een
enkele %lu-specificatie moet worden ingevuld met een lange, niet-ondertekende integerwaarde

-i|--ilens: BESTAND
maak een bestand met de lengtes van elke intergene iLocus

-g|--genemap: BESTAND
druk een afbeelding af van elke genannotatie naar de overeenkomstige locus naar het gegeven
filet

-o|--outfile: BESTAND
naam van het bestand waarnaar de resultaten worden weggeschreven; standaard is terminal (standaard
uitgang)

-T|--retainid's
oorspronkelijke functie-ID's van invoerbestanden behouden; conflicten zullen ontstaan ​​als input
bevat gedupliceerde ID-waarden

-t|--transmap: BESTAND
druk een mapping af van elke transcriptannotatie naar de bijbehorende locus naar de
gegeven bestand

-V|-- uitgebreid
neem alle locus-subkenmerken (genen, RNA's, enz.) op in de GFF3-uitvoer; standaard
bevat alleen locuskenmerken

Invoeropties:

-f|--filter: TYPE
door komma's gescheiden lijst van feature-types om te gebruiken bij het construeren van loci/iLoci; standaard is
'gen'

-p|--ouder: CT:PT
als er een kenmerk van het type $CT bestaat zonder een bovenliggend element, maak dan een bovenliggend element aan voor dit kenmerk
met type $PT; mRNA:gene zal bijvoorbeeld een genkenmerk creëren als ouder voor
elke mRNA-functie op het hoogste niveau; deze optie kan meerdere keren worden opgegeven

-u|--pseudo
foutief gelabelde pseudogenen corrigeren

Gebruik locuspocus online met behulp van onworks.net-services