Dit is de opdracht masai_mapper die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
masai_mapper - Masai-mapper
KORTE INHOUD
masai_mapper [OPTIES]
PRODUCTBESCHRIJVING
Masai is een snelle en nauwkeurige mapper voor lezen op basis van geschatte zaden en meerdere
teruglopen.
Bekijk http://www.seqan.de/projects/masai voor meer informatie.
(c) Copyright 2011-2012 door Enrico Siragusa.
-h, --help
Geeft dit helpbericht weer.
--versie
Weergave versie-informatie
Kaartopties:
-mm, --mapping-modus STR
Selecteer de kaartmodus. Een van allemaal, de beste en de beste. Standaard: elk-best.
-mb, --mapping-blok NUM
Maximaal aantal reads dat tegelijk kan worden toegewezen. Binnen bereik [10000..inf]. Standaard:
2147483647.
-e, --fouten NUM
Maximaal aantal fouten per gelezen. Binnen bereik [0..32]. Standaard: 5.
-sl, --zaadlengte NUM
Minimale zaadlengte. Binnen bereik [10..100]. Standaard: 33.
-ng, --geen gaten
Lijn de uitlezingen niet uit met lacunes.
Opties voor genoomindex:
-x, --inhoudsopgave STR
Selecteer het type genoomindex. Een van esa, sa, qgram en fm. Standaard: sa.
-xp, --index-voorvoegsel STR
Geef een naam voor het voorvoegsel van de genoomindex op. Standaard: gebruik het voorvoegsel van de bestandsnaam van het genoom.
Uitgangsopties:
-o, --uitvoerbestand FILE
Geef een uitvoerbestand op. Standaard: gebruik het voorvoegsel reads bestandsnaam. Geldige bestandstypen
zijn: rauw en sam.
-nc, --Geen sigaar
Voer geen SIGAR-reeks uit. Dit heeft alleen invloed op SAM-uitvoer.
Foutopsporingsopties:
-nv, --geen-verifiëren
Controleer zaadhits niet.
-nd, --geen dump
Dump geen resultaten.
-nm, --geen-meervoud
Schakel meerdere backtracking uit.
VERSIE
masai_mapper versie: 0.7.1 [14053] Laatste update 2013-05-16
Gebruik masai_mapper online met onworks.net-services
