mauveAligner - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mauveAligner - efficiënt construeren van meerdere genoomuitlijningen

KORTE INHOUD

mauveAligner [opties] ...
bestandsnaam>

PRODUCTBESCHRIJVING

De uitlijningsalgoritmen mauveAligner en progressiveMauve zijn geïmplementeerd als:
opdrachtregelprogramma's die bij de downloadbare Mauve-software worden geleverd. Wanneer rennen van de
command-line, deze programma's bieden opties die nog niet beschikbaar zijn in de grafische interface.

OPTIES

--uitvoer=Naam van uitvoerbestand.
Drukt standaard af op het scherm

--moeders Vind alleen MUM's, probeer niet om lokaal collineaire blokken (LCB's) te bepalen

--geen-recursie Voer geen recursieve ankeridentificatie uit (impliceert
--no-gapped-uitlijning)

--geen-lcb-extensie Als u LCB's bepaalt, probeer dan niet om de LCB's uit te breiden

--zaadgrootte=Initiële seed-matchgrootte, standaard is log_2 (gemiddelde seq. lengte)

--max-extensie-iteraties=Beperk LCB-extensies tot dit aantal pogingen,
standaard is 4

--elimineer-insluitsels Elimineer gekoppelde insluitsels in subset-overeenkomsten.

--gewicht=Minimum LCB-gewicht in basenparen per reeks

--match-invoer=Gebruik het opgegeven overeenkomstbestand in plaats van te zoeken naar overeenkomsten

--lcb-match-invoer Geeft aan dat het invoerbestand voor overeenkomsten overeenkomsten bevat die zijn
geclusterd in LCB's

--lcb-invoer=Gebruik gespecificeerd lcb-bestand in plaats van LCB's te construeren (sla LCB over
generatie)

--scratch-pad=Gebruik voor grote genomen een directory voor de opslag van tijdelijke gegevens.
Moet twee of meer keer worden gegeven met verschillende paden.

--id-matrix=Genereer LCB-statistieken en schrijf ze naar het opgegeven bestand

--eilandgrootte=Vind eilanden groter dan het opgegeven aantal

--eiland-uitvoer=Output eilanden het gegeven bestand (vereist --eilandformaat)

--backbone-grootte=Vind stukken ruggengraat die langer zijn dan het opgegeven aantal bp

--max-ruggengraat-gap=Sta toe dat de ruggengraat wordt onderbroken door gaten tot deze lengte in
bp

--backbone-uitvoer=Output eilanden het gegeven bestand (vereist --eilandformaat)

--dekking-output=Voer een dekkingslijst uit naar het opgegeven bestand (- voor stdout)

--herhaalt Genereert een herhaalkaart. Er kan slechts één reeks worden opgegeven

--output-guide-tree=Schrijf een gidsboom naar het aangewezen bestand

--collineair Neem aan dat invoerreeksen collineair zijn - ze hebben geen herschikkingen

Gekloofd opstelling controles:
--no-gapped-uitlijning Voer geen gapped uitlijning uit

--max-opening-aligner-lengte=Maximaal aantal basenparen om mee te proberen uit te lijnen
de gapped aligner

--min-recursieve-gap-length=Minimale grootte van gaten die Mauve recursief zal uitvoeren
MUM verankering aan (Standaard is 200)

Ondertekend permutatie Matrix opties:
--permutatie-matrix-output=Schrijf de LCB's uit als een ondertekende permutatiematrix om:
het opgegeven bestand

--permutatie-matrix-min-gewicht=Er wordt een permutatiematrix geschreven voor elke
set LCB's met een gewicht tussen deze waarde en de waarde van --gewicht

Uitlijning uitgang opties:
--uitlijning-output-dir=Voert een set uitlijningsbestanden uit (één per LCB) naar een
gegeven map

--uitlijning-uitvoerformaat=Selecteert het uitvoerformaat voor: --uitlijning-uitvoer-dir

--output-uitlijning=Schrijf een XMFA-indeling uitlijning naar het aangewezen bestand

Ondersteunde uitvoerformaten voor uitlijning zijn: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Gebruik mauveAligner online met onworks.net-services