Dit is de opdracht mauveToXMFA die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
addUnalignedIntervals - onderdeel van mauveAligner-pakket
alignmentProjector - onderdeel van mauveAligner-pakket
backbone_global_to_local - onderdeel van mauveAligner-pakket
bbAnalyze - onderdeel van mauveAligner-pakket
createBackboneMFA - onderdeel van mauveAligner-pakket
getAlignmentWindows - onderdeel van mauveAligner-pakket
getOrthologList - onderdeel van mauveAligner-pakket
makeBadgerMatrix - onderdeel van mauveAligner-pakket
mauveToXMFA - onderdeel van mauveAligner-pakket
mfa2xmfa - onderdeel van mauveAligner-pakket
projectAndStrip - onderdeel van mauveAligner-pakket
randomGeneSample - onderdeel van mauveAligner-pakket
scoreAlignment - onderdeel van mauveAligner-pakket
stripGapColumns - onderdeel van mauveAligner-pakket
stripSubsetLCB's - onderdeel van mauveAligner-pakket
toGrimmFormat - onderdeel van mauveAligner-pakket
toMultiFastA - onderdeel van mauveAligner-pakket
toRawSequence - onderdeel van mauveAligner-pakket
uniqueMerCount - onderdeel van mauveAligner-pakket
uniquifyTrees - onderdeel van mauveAligner-pakket
xmfa2maf - onderdeel van mauveAligner-pakket
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze tools behoren tot het pakket mauveAligner. Ze zijn niet expliciet gedocumenteerd, maar
drukken een synopsisregel af die hier wordt herhaald.
voeg UnalignedIntervals toe interval bestand> <uitvoer interval bestand>
uitlijningProjector xmfa> <uitvoer xmfa> <mfa seq invoer> <mfa seq uitvoer> <lijst of
volgende naar erbij betrekken, beginnend at 0>
backbone_global_to_local <xmfa bestand> <ruggengraat bestand> <uitvoer bestand>
bbAnalyseren <xmfa bestand> <gids boom> <ruggengraat volgende bestand> <ruggengraat col bestand> <geannoteerd
seq index> <uitvoer bestand>
geannoteerde seq-index begint bij 0.
maakBackboneMFA interval bestand> <uitvoer MFA naam>
getAlignmentWindows <XMFA uitlijning> <venster lengte> <venster verschuiving bedrag> <basis uitgang
bestandsnaam>
getOrtholoogLijst getOrtholoogLijst xmfa> <ruggengraat seq bestand> <referentie genoom> <CDS
ortholoog bestandsnaam> <CDS opstelling baseren naam>
merkBadgerMatrix merkBadgerMatrix xmfa> <uitvoer das bestand> <LCB coördineren bestand>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Uitlijning invoer> <XMFA uitvoer>
mfa2xmfa <MFA opstelling invoer> <XMFA opstelling uitvoer> [Niet uitgelijnd SnelA uitvoer]
projectAndStrip xmfa> <uitvoer xmfa> ...
Numerieke reeks-ID's beginnen bij 0.
willekeurigGenSample xmfa> <ruggengraat seq bestand> <voorbeeld genoom> <nummer of genen>
<uitvoer baseren naam> [willekeurig zaad]
scoreUitlijning <correct uitlijning> <berekend uitlijning> [evolueerde volgorde het dossier] [slakken]
stripGapKolommen XMFA> <uitvoer XMFA>
stripSubsetLCB's xmfa> bbcols> <uitvoer xmfa> [min LCB aan jou] [min genomen]
[willekeurig ondersteekproef naar X kb]
toGrimmFormaat <Mauve Uitlijning> <genoom 1 chr lengtes>... N chr lengtes>
naarMultiFastA interval bestand> <uitvoer baseren naam>
naar RawSequence volgorde> <uitvoer bestand>
uniekMerCount <Gesorteerd zee Lijst>
unquifyBomen <nexus invoer bestand> <nexus uitgang bestand>
Alle bomen in het invoerbestand moeten hetzelfde aantal taxa en hetzelfde taxon hebben
labels
xmfa2maf <xmfa invoer> <maf uitvoer>
Gebruik mauveToXMFA online met onworks.net-services
