mia-2dgroundtruthreg - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-2dgroundtruthreg - Registratie van een reeks 2D-afbeeldingen

KORTE INHOUD

mia-2dgroundtruthreg -i -o -A -B -R
[Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-2dgroundtruthreg Dit programma implementeert de niet-lineaire registratie op basis van Pseudo
Ground Thruth voor bewegingscompensatie van series myocardiale perfusiebeelden zoals beschreven
in Chao Li en Ying Sun, 'Niet-rigide registratie van myocardiale perfusie-MRI met behulp van pseudo
Grondwaarheid', In Proc. Medische beeldverwerking en computerondersteunde interventie MICCAI
2009, 165-172, 2009. Merk op dat voor deze niet-lineaire bewegingscorrectie een voorafgaande lineaire
registratiestap is meestal vereist.

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-file=(invoer, vereist); snaar
invoer perfusie dataset

-o --out-file=(uitvoer, vereist); snaar
output perfusie dataset

-r --geregistreerd=reg
bestandsnaambasis voor geregistreerde bestanden

Randvoorwaarden
-s --overslaan=2
afbeeldingen aan het begin van een serie overslaan afbeeldingen aan het begin van een serie overslaan

-P --passen=4
aantal registratiepassenaantal registratiepassen

Pseudo-Ground-Thruth
-A --alpha=(vereist); dubbele
Straalgewicht voor de ruimtelijke buurt. Straalgewicht voor de ruimtelijke buurt

-B --beta=(vereist); dubbele
tijdelijke tweede afgeleide straf gewichttemporele tweede afgeleide straf
gewicht

-R --rho_thresh=(vereist); dubbele
correlatiedrempel voor buurtanalysecorrelatiedrempel voor
analyse van de buurt

Registratie
-O --optimizer=gsl:opt=gd,stap=0.1
Optimizer gebruikt voor minimalisatieOptimizer gebruikt voor minimalisatie For
ondersteunde plug-ins zie PLUGINS:minimizer/singlecost

-p --interpolator=bspline:d=3
image interpolator kernelimage interpolator kernel Voor ondersteunde plug-ins
zie PLUGINS:1d/splinekernel

-l --mr-niveaus=3
niveaus met meerdere resolutiesniveaus met meerdere resoluties

-d --divkrul=20
divcurl regularisatiegewichtdivcurl regularisatiegewicht

--divcurl-verdeler=4
divcurl gewichtsschaal bij elke nieuwe passdivcurl gewichtsschaal bij elk
nieuwe pass

-a --start-c-tarief=32
start coëfficiënt in stekels, wordt gedeeld door --c-rate-divider met
elke passstart-coëfficiënt in stekels, wordt gedeeld door --c-rate-divider
bij elke pas

--c-rate-deler=4
cofficient rate divider voor elke passcofficient rate divider voor elke pas

-w --beeldgewicht=1
afbeeldingskostengewichtafbeeldingskostengewicht

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

PLUG-INS: 1d/splinekernel

bsplijn B-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [0, 5]
Spline graad.

omoms OMoms-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [3, 3]
Spline graad.

PLUG-INS: minimalizer/enkele kosten

gda's Gradiëntafdaling met automatische stapgroottecorrectie. Ondersteunde parameters zijn:

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de relatieve verandering van het criterium lager is dan..

max-stap = 2; verdubbelen (0, inf)
Maximale absolute stapgrootte.

maxer = 200; uint in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

min-stap = 0.1; verdubbelen (0, inf)
Minimale absolute stapgrootte.

xtola = 0.01; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van de wijziging toegepast op x lager is dan deze waarde.

gdsq Gradiëntafdaling met kwadratische stapschatting, ondersteunde parameters zijn:

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de relatieve verandering van het criterium lager is dan..

gtol = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van de helling onder deze waarde ligt.

maxer = 100; uint in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

schaal = 2; verdubbelen (1, inf)
Fallback vaste stapgrootte schaling.

stap = 0.1; verdubbelen (0, inf)
Eerste stapgrootte.

xtola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van x-update onder deze waarde ligt.

gsl optimalisatie-plug-in gebaseerd op de multimin-optimizers van de GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, ondersteunde parameters zijn:

eps = 0.01; verdubbelen (0, inf)
op gradiënt gebaseerde optimalisatieprogramma's: stop wanneer |grad| < eps, simplex: stop wanneer
enkelzijdig formaat < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
maximaal aantal iteraties.

opteren = gd; dictaat
Specifieke te gebruiken optimizer.. Ondersteunde waarden zijn:
vriendjes - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (meest efficiënte versie)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves geconjugeerd gradiëntalgoritme
gd ‐ Hellingsdaling.
simplex ‐ Simplex-algoritme van Nelder en Mead
cg-pr ‐ Polak-Ribière geconjugeerd gradiëntalgoritme

stap = 0.001; verdubbelen (0, inf)
initiële stapgrootte.

tol = 0.1; verdubbelen (0, inf)
een tolerantieparameter.

nlopt Minimizer-algoritmen met behulp van de NLOPT-bibliotheek, voor een beschrijving van de
Optimizers zie 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', ondersteunde parameters zijn:

ftola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de absolute verandering van de objectieve waarde is hieronder
deze waarde.

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de relatieve verandering van de objectieve waarde is hieronder
deze waarde.

hoger = inf; dubbele
Hogere grens (gelijk voor alle parameters).

lokaal-opt = geen; dictaat
lokaal minimalisatie-algoritme dat mogelijk vereist is voor de hoofd
minimalisatie-algoritme.. Ondersteunde waarden zijn:
gn-oorspronkelijke-direct-l ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie,
lokaal bevooroordeeld)
gn-direct-l-noscal ‐ Rechthoeken verdelen (niet geschaald, lokaal bevooroordeeld)
gn-isres ‐ Verbeterde strategie voor stochastische rangorde-evolutie
ld-tnewton ‐ Afgeknotte Newton
gn-direct-l-rand ‐ Rechthoeken verdelen (lokaal bevooroordeeld, gerandomiseerd)
In-newuoa ‐ Derivatenvrije onbeperkte optimalisatie door iteratief
Geconstrueerde kwadratische benadering
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald, lokaal)
bevooroordeeld, willekeurig)
gn-origineel-direct ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie)
ld-tnewton-voorwaarde ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton
ld-tnewton-herstart ‐ Afgekapte Newton met herstart van de steilste afdaling
gn-direct ‐ Rechthoeken verdelen
ln-eldermead ‐ Nelder-Mead simplex-algoritme
In-cobyla ‐ Beperkte optimalisatie DOOR lineaire benadering
gn-crs2-lm ‐ Gecontroleerd willekeurig zoeken met lokale mutatie
ld-var2 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 2
ld-var1 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 1
ld-mma ‐ Methode voor het verplaatsen van asymptoten
ld-lbfgs-nocedaal - Geen
ld-lbfgs ‐ BFGS met weinig opslagruimte
gn-direct-l ‐ Rechthoeken delen (lokaal bevooroordeeld)
geen ‐ specificeer geen algoritme
In-bobyqa ‐ Afgeleide-vrije Bound-constrained Optimization
ln-sbplx ‐ Subplex-variant van Nelder-Mead
ln-newuoa-gebonden ‐ Derivatenvrij Bound-constrained Optimalisatie door
Iteratief geconstrueerde kwadratische benadering
In-praxis ‐ Gradiëntvrije lokale optimalisatie via de hoofdas
Methode
gn-direct-noscaal ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald)
ld-tnewton-precond-herstart ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton met
steilste afdaling opnieuw starten

te verlagen = -inf; dubbele
Ondergrens (gelijk voor alle parameters).

maxer = 100; int in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

opteren = ld-lbfgs; dictaat
belangrijkste minimalisatie-algoritme. Ondersteunde waarden zijn:
gn-oorspronkelijke-direct-l ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie,
lokaal bevooroordeeld)
g-mlsl-lds ‐ Single-Linkage op meerdere niveaus (volgorde met lage discrepantie,
lokale gradiëntgebaseerde optimalisatie en grenzen vereisen)
gn-direct-l-noscal ‐ Rechthoeken verdelen (niet geschaald, lokaal bevooroordeeld)
gn-isres ‐ Verbeterde strategie voor stochastische rangorde-evolutie
ld-tnewton ‐ Afgeknotte Newton
gn-direct-l-rand ‐ Rechthoeken verdelen (lokaal bevooroordeeld, gerandomiseerd)
In-newuoa ‐ Derivatenvrije onbeperkte optimalisatie door iteratief
Geconstrueerde kwadratische benadering
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald, lokaal)
bevooroordeeld, willekeurig)
gn-origineel-direct ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie)
ld-tnewton-voorwaarde ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton
ld-tnewton-herstart ‐ Afgekapte Newton met herstart van de steilste afdaling
gn-direct ‐ Rechthoeken verdelen
auglag-eq ‐ Augmented Lagrangiaanse algoritme met gelijkheidsbeperkingen
Slechts
ln-eldermead ‐ Nelder-Mead simplex-algoritme
In-cobyla ‐ Beperkte optimalisatie DOOR lineaire benadering
gn-crs2-lm ‐ Gecontroleerd willekeurig zoeken met lokale mutatie
ld-var2 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 2
ld-var1 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 1
ld-mma ‐ Methode voor het verplaatsen van asymptoten
ld-lbfgs-nocedaal - Geen
g-mlsl ‐ Single-Linkage op meerdere niveaus (lokale optimalisatie vereist en
grenzen)
ld-lbfgs ‐ BFGS met weinig opslagruimte
gn-direct-l ‐ Rechthoeken delen (lokaal bevooroordeeld)
In-bobyqa ‐ Afgeleide-vrije Bound-constrained Optimization
ln-sbplx ‐ Subplex-variant van Nelder-Mead
ln-newuoa-gebonden ‐ Derivatenvrij Bound-constrained Optimalisatie door
Iteratief geconstrueerde kwadratische benadering
auglag ‐ Augmented Lagrangiaanse algoritme
In-praxis ‐ Gradiëntvrije lokale optimalisatie via de hoofdas
Methode
gn-direct-noscaal ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald)
ld-tnewton-precond-herstart ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton met
steilste afdaling opnieuw starten
ld-slsqp ‐ Sequentiële kleinste-kwadraten kwadratische programmering

stap = 0; verdubbelen in [0, inf)
Initiële stapgrootte voor gradiëntvrije methoden.

stoppen = -inf; dubbele
Stopcriterium: functiewaarde valt onder deze waarde.

xtola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de absolute verandering van alle x-waarden ligt daaronder
waarde.

xtolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de relatieve verandering van alle x-waarden ligt daaronder
waarde.

VOORBEELD

Registreer de perfusieserie gegeven door images imageXXXX.exr met behulp van Pseudo Ground Truth
schatting. Sla aan het begin twee afbeeldingen over en gebruik anders de standaardparameters.
Sla de resultaatafbeeldingen op in 'regXXXX.exr'.

mia-2dgroundtruthreg -i afbeeldingXXXX.exr -o regXXXX.exr -k 2

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-2dgroundtruthreg online met behulp van onworks.net-services