mia-3ddistance-stats - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-3ddistance-stats - Evalueer afstandsstatistieken voor twee gelabelde afbeeldingen.

KORTE INHOUD

mia-3dafstandsstatistieken -i -r -o [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-3dafstandsstatistieken Dit programma wordt gebruikt om de afstand tussen even te evalueren
gelabelde gebieden in twee afbeeldingen. Het uitvoerbestand is een csv-bestand met daarin de afstanden voor
elke gelabelde coördinaat in het testbeeld in de volgende vorm:

label,n-samples,afstand,afstand,...

Een eenvoudig R-programma om statistieken per label uit deze gegevens te halen, zou eruit zien

args <- commandoArgs(TRUE)
data <- read.csv(args[1], header=FALSE)
voor ( ik in 1:dim(data)[1] ) {
regel <- data[i,]
label <- as.integer(lijn[1])
eindbereik <- 2 + as.numeric(line[2])
s <- as.numeriek(regel[3:eindbereik])
resultaat <- sprintf("%d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f0
label, gemiddelde(n), sqrt(var(s)), mediaan(en), max(s))
kat(resultaat)
}

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-labels=(invoer, vereist); io
input label afbeelding Voor ondersteunde bestandstypes zie PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-labels=(invoer, vereist); io
referentielabel afbeelding Zie voor ondersteunde bestandstypen PLUGINS:3dimage/io

-l --label-map=(invoer); snaar
optionele toewijzing van labelnummers

-o --out-file=(uitvoer, vereist); snaar
uitvoerbestandsnaam om de afstanden naar toe te schrijven. Het uitvoerbestand is een csv-bestand,
met afstanden vermeld voor elk label.

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

PLUG-INS: 3dbeeld/io

analyseren Analyseer 7.5-afbeelding

Herkende bestandsextensies: .HDR, .hdr

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit,
drijvende komma 64 bit

datapool Virtuele IO van en naar de interne datapool

Erkende bestandsextensies: .@

dicom Dicom-beeldserie als 3D

Herkende bestandsextensies: .DCM, .dcm

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit

hdf5 HDF5 3D-beeld IO

Erkende bestandsextensies: .H5, .h5

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, niet ondertekend 32 bit, ondertekend 64 bit, niet ondertekend 64 bit, zwevend
punt 32 bit, drijvende komma 64 bit

inria INRIA-afbeelding

Erkende bestandsextensies: .INR, .inr

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

mhd MetaIO 3D-beeld IO met behulp van de VTK-implementatie (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

handig NIFTI-1 3D-beeld IO

Erkende bestandsextensies: .NII, .nii

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekende 32 bit, ondertekende 64 bit, niet-ondertekende 64 bit, drijvende komma 32
bit, drijvende komma 64 bit

vff VFF Zon-rasterformaat

Herkende bestandsextensies: .VFF, .vff

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit

vergezicht 3D-weergave

Erkende bestandsextensies: .V, .VISTA, .v, .vista

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

vii 3D beeld VTK-XML in- en output (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .VTI, .vti

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

vtk 3D VTK beeld legacy in- en output (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

VOORBEELD

Evalueer de afstanden voor elk beschikbaar label in image.v tot de overeenkomstige labels in
de image reference.v ans slaat het resultaat op in een door komma's gescheiden lijst met waarden, dwz
afstanden.csv.

mia-3dafstandsstatistieken -i afbeelding.v -r referentie.v -o afstanden.csv

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-3ddistance-statistieken online met behulp van onworks.net-services