mia-3dmotioncompica-nonrigid - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Niet-lineaire registratie van een reeks 3D-beelden.

KORTE INHOUD

mia-3dmotioncompica-niet-rigide -i -o [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-3dmotioncompica-niet-rigide Dit programma implementeert een 3D-versie van de beweging
compensatiealgoritme beschreven in Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Automatische bewegingscompensatie van vrije ademhaling verkregen myocardiale perfusiegegevens door
met behulp van onafhankelijke componentenanalyse", Medische beeldanalyse, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004.

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-file=(invoer, vereist); io
invoerafbeeldingen van opeenvolgend genummerd bestand (nameXXXX.ext) Voor ondersteund
bestandstypes zie PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(uitvoer, vereist); io
uitvoerafbeeldingsnaam (als tekenreeks in C-formaat inclusief een %04d om te definiëren
de bestandsnummering) Zie PLUGINS:3dimage/io voor ondersteunde bestandstypen

--opslaan-refs=
referentieafbeeldingen opslaan, wordt de gegeven string gebruikt als bestandsnaambasis, de
Het nummerpatroon volgt de invoerafbeeldingen en het uitvoerformaat is altijd
'uitzicht'

--save-regs=
tussenliggende geregistreerde afbeeldingen opslaan, wordt de opgegeven string gebruikt als bestandsnaam
basis, het nummerpatroon volgt de invoerafbeeldingen en het uitvoerformaat is
altijd 'uitzicht'

--save-coeffs=
sla de mengmatrix op in een tekstbestand

--save-functies=
sla feature-afbeeldingen op als PNG

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

ICA
-C --componenten=0
ICA-componenten 0 = automatische schatting ICA-componenten 0 = automatisch
schatting

--niet-normaliseren
geen genormaliseerde IC's

--geen-gemiddeldestrip
haal het gemiddelde niet uit de mengcurven

-k --overslaan=0
sla afbeeldingen aan het begin van de serie over, bijv. omdat ze van andere zijn
modaliteiten afbeeldingen aan het begin van de serie overslaan, bijv. omdat ze
zijn van andere modaliteiten

-m --max-ica-iter=400
maximum aantal iteraties in ICAmaximaal aantal iteraties in ICA

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

Registratie
-O --optimizer=gsl:opt=gd,stap=0.1
Optimizer gebruikt voor minimalisatie

-a --start-c-tarief=32
start coëfficiënt in stekels, wordt gedeeld door --c-rate-divider met
elke passstart-coëfficiënt in stekels, wordt gedeeld door --c-rate-divider
bij elke pas

--c-rate-deler=4
cofficient rate divider voor elke passcofficient rate divider voor elke pas

-d --start-divcurl=20
start divcurl-gewicht, wordt gedeeld door --divcurl-divider bij elke passstart
divcurl-gewicht, wordt bij elke pas gedeeld door --divcurl-divider

--divcurl-verdeler=4
divcurl gewichtsschaal bij elke nieuwe passdivcurl gewichtsschaal bij elk
nieuwe pass

-w --imagekosten=afbeelding:gewicht=1,kosten=ssd,
beeld kosten

-l --mg-niveaus=3
niveaus met meerdere resolutiesniveaus met meerdere resoluties

-P --passen=3
registratiepassenregistratiepassen

PLUG-INS: 3dbeeld/io

analyseren Analyseer 7.5-afbeelding

Herkende bestandsextensies: .HDR, .hdr

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit,
drijvende komma 64 bit

datapool Virtuele IO van en naar de interne datapool

Erkende bestandsextensies: .@

dicom Dicom-beeldserie als 3D

Herkende bestandsextensies: .DCM, .dcm

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit

hdf5 HDF5 3D-beeld IO

Erkende bestandsextensies: .H5, .h5

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, niet ondertekend 32 bit, ondertekend 64 bit, niet ondertekend 64 bit, zwevend
punt 32 bit, drijvende komma 64 bit

inria INRIA-afbeelding

Erkende bestandsextensies: .INR, .inr

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

mhd MetaIO 3D-beeld IO met behulp van de VTK-implementatie (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

handig NIFTI-1 3D-beeld IO

Erkende bestandsextensies: .NII, .nii

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekende 32 bit, ondertekende 64 bit, niet-ondertekende 64 bit, drijvende komma 32
bit, drijvende komma 64 bit

vff VFF Zon-rasterformaat

Herkende bestandsextensies: .VFF, .vff

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit

vergezicht 3D-weergave

Erkende bestandsextensies: .V, .VISTA, .v, .vista

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

vii 3D beeld VTK-XML in- en output (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .VTI, .vti

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit, ondertekend 32
bit, niet-ondertekend 32 bit, drijvende komma 32 bit, drijvende komma 64 bit

vtk 3D VTK beeld legacy in- en output (experimenteel).

Erkende bestandsextensies: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

VOORBEELD

Registreer de perfusiereeksen die worden weergegeven in afbeeldingen imagesXXXX.v met behulp van 4-klasse ICA
schatting. Sla in het begin twee afbeeldingen over, gebruik maximaal 4 registratiethreads, een nlopt
gebaseerde optimizer en anderszins de standaardparameters gebruiken. Sla het resultaat op
geregistreerdXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o geregistreerd%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-3dmotioncompica-nonrigid online met behulp van onworks.net-services