mkdssp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mkdssp - Bereken secundaire structuur voor eiwitten in een PDB-bestand

KORTE INHOUD

mkdssp [OPTIE] pdf-bestand [dssp-bestand]

PRODUCTBESCHRIJVING

De mkdssp programma is oorspronkelijk ontworpen door Wolfgang Kabsch en Chris Sander to
de toewijzing van secundaire structuren standaardiseren. DSSP is een database met een secundaire structuur
opdrachten (en nog veel meer) voor alle eiwitvermeldingen in de Protein Data Bank (PDB) en
mkdssp is de applicatie die de DSSP-vermeldingen berekent op basis van PDB-vermeldingen. Houd er rekening mee dat
dat mkdssp doet niet voorspellen secundaire structuur.

OPTIES

Als je aanroept mkdssp met slechts één parameter, wordt het geïnterpreteerd als het PDB-bestand naar
proces en uitvoer worden naar stdout gestuurd. Als er een tweede parameter is opgegeven, is dit
geïnterpreteerd als de naam van het DSSP-bestand dat moet worden gemaakt. Zowel het invoer- als het uitvoerbestand
namen kunnen .gz of .bz2 als extensie hebben, wat resulteert in de juiste compressie.

-i, --invoer bestandsnaam
De bestandsnaam van een VOB geformatteerd bestand met de eiwitstructuurgegevens. Dit
bestand kan een bestand zijn dat is gecomprimeerd door gzip of bzip2.

-o, --uitvoer bestandsnaam
De bestandsnaam van een DSSP bestand te maken. Als de bestandsnaam eindigt op .gz of .bz2 a
gecomprimeerd bestand wordt gemaakt.

-v, --uitgebreid
Schrijf diagnostische informatie op.

--versie
Druk het versienummer af en sluit af.

-h, --help
Druk het helpbericht af en sluit af. De map met de parserscripts voor
Mevr.

THEORIE

Het DSSP-programma werkt door de meest waarschijnlijke toewijzing van de secundaire structuur te berekenen
de 3D-structuur van een eiwit. Het doet dit door de positie van de atomen in a af te lezen
eiwit (de ATOM registreert in een PDB-bestand) gevolgd door berekening van de H-bindingsenergie
tussen alle atomen. De beste twee H-bindingen voor elk atoom worden vervolgens gebruikt om de meeste te bepalen
waarschijnlijke klasse van secundaire structuur voor elk residu in het eiwit.

Dit betekent dat je een volledige en geldige 3D-structuur nodig hebt om een ​​eiwit te kunnen maken
bereken de secundaire structuur. Er is geen magie in DSSP, dus het kan bijvoorbeeld de
secundaire structuur voor een gemuteerd eiwit waarvoor je de 3D-structuur niet hebt.

DSSP FILE FORMAT

Het kopgedeelte van elk DSSP-bestand spreekt voor zich, het bevat een deel van de informatie
gekopieerd uit het PDB-bestand en er zijn enkele statistieken verzameld tijdens het berekenen van de
secundaire structuur.

De tweede helft van het bestand bevat de berekende secundaire constructie-informatie per
residu. Hieronder volgt een korte toelichting per kolom.

Kolom Naam Omschrijving
──────────────────────────────────────── ────────── ──────────────────────────────────────── ─
# Het residunummer zoals geteld door mkdssp
RESIDUE Het residunummer zoals opgegeven in het PDB-bestand
gevolgd door een ketenidentificatie.

AA De eenletterige code voor het aminozuur. Als dit
letter is een kleine letter, dit betekent dat dit een is
cysteïne die een zwavelbrug vormen met de
ander aminozuur in deze kolom met hetzelfde
kleine letter.
STRUCTUUR Dit is een complexe kolom met meerdere sub
kolommen. In de eerste kolom staat een letter
met vermelding van de secundaire structuur toegewezen aan
dit residu. Geldige waarden zijn:
Code Omschrijving
H Alfa-helix
B Beta-brug
E streng
G-helix-3
Ik Helix-5
T-bocht
S-bocht
Wat volgt zijn drie kolommen die aangeven voor
elk van de drie helixtypen (3, 4 en 5)
of dit residu een kandidaat is bij het vormen
deze spiraal. A > karakter geeft aan dat het begint met een
helix, een getal geeft aan dat het zich in zo'n a bevindt
helix en een < karakter betekent dat het de helix beëindigt.
De volgende kolom bevat een S-teken als dit
residu is een mogelijke bocht.
Dan is er een kolom die de chiraliteit aangeeft
en dit kan zowel positief als negatief zijn
(dwz de alfa-torsie is positief of
negatief).
De laatste twee kolommen bevatten beta bridge-labels.
Kleine letters betekenen hier parallelle brug en dus
hoofdletters betekent anti-parallel.
BP1 en BP2 De kandidaat voor het eerste en tweede brugpaar, dit
wordt gevolgd door een letter die het blad aangeeft.
ACC De toegankelijkheid van dit residu, dit is de
oppervlakte uitgedrukt in vierkante Ångstrom dat
toegankelijk is voor een watermolecuul.
NH-->O..O-->HN Vier kolommen, ze geven voor elk residu de
H-binding energie met een ander residu waar de
het huidige residu is acceptor of donor.
Elke kolom bevat twee nummers, de eerste is
een offset van het huidige residu naar de
partnerresidu in deze H-binding (in DSSP
nummering), het tweede getal is het berekende
energie voor deze H-binding.
TCO De cosinus van de hoek tussen C=O van de
huidig ​​residu en C=O van vorig residu. Voor
alpha-helices, TCO is bijna +1, voor beta-sheets
TCO is bijna -1. Niet gebruikt voor structuur
definitie.
Kappa De virtuele verbindingshoek (buighoek) gedefinieerd door
de drie C-alfa-atomen van de residustroom
- 2, stroom en stroom + 2. Gebruikt om te definiëren
bocht (structuurcode 'S').
PHI en PSI IUPAC peptide backbone torsiehoeken.
X-CA, Y-CA en Z-CA De C-alpha coördinaten

GESCHIEDENIS

De originele DSSP-applicatie is geschreven door Wolfgang Kabsch en Chris Sander in Pascal.
Deze versie is een volledige herschrijving in C++ op basis van de originele broncode. Een paar bugs
zijn sindsdien opgelost en de algoritmen zijn hier en daar aangepast.

ALLES

De code heeft dringend een update nodig. Het eerste dat moet worden geïmplementeerd, is de
verbeterde herkenning van pi-helices. Een tweede verbetering zou zijn om hoekafhankelijk te gebruiken
H-binding energieberekening.

Gebruik mkdssp online met behulp van onworks.net-services