Dit is de opdracht primer3_core die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
primer3_core - Ontwerpt primers voor PCR
KORTE INHOUD
primer3_kern [-format_output] [-strict_tags] [ Invoer bestand]
PRODUCTBESCHRIJVING
primer3_core kiest primers voor PCR-reacties, waarbij oligonucleotide als criteria worden beschouwd
smelttemperatuur, grootte, GC-gehalte en primer-dimeermogelijkheden, PCR-productgrootte,
positionele beperkingen binnen de bronreeks, en diverse andere beperkingen.
Standaard accepteert primer3_core invoer en produceert uitvoer in Boulder-io-indeling, een pre-XML
op tekst gebaseerd invoer-/uitvoerformaat voor gegevensuitwisseling tussen programma's. De
Het Boulder-io-formaat en de opdrachten die primer3_core begrijpt, worden beschreven in de
README bestand, dat op Debian-systemen te vinden is in /usr/share/doc/primer3/.
OPTIES
-formaat_uitvoer
Drukt voor elke reeks een gebruikersgerichter rapport af.
-strict_tags
primer3_core echoot en negeert alle tags die het niet herkent, tenzij de
-strict_tags flag wordt ingesteld op de opdrachtregel, in welk geval primer3_core een
fout in de PRIMER_ERROR-uitvoertag en drukt aanvullende informatie af over stdout;
deze optie kan handig zijn voor het debuggen van systemen die primer bevatten.
Note
De oude vlag -2x_compat wordt niet langer ondersteund.
EXIT STATUS CODES
· 0 bij normale werking.
· -1 onder de volgende omstandigheden: illegale opdrachtregelargumenten, niet in staat om te flushen
stdout, kan een .for-, .rev- of .int-bestand niet openen (voor schrijven en maken) (waarschijnlijk
vanwege een beveiligingsprobleem).
· -2 bij onvoldoende geheugen.
· -3 lege invoer.
· -4 fout in een "Global" invoertag (bericht in PRIMER_ERROR).
REFERENTIE
Citeer Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 op het WWW voor algemene gebruikers en voor
bioloog programmeurs." In S. Krawetz en S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protocollen in de serie Methoden in Moleculaire Biologie. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
pagina's 365-386.
Gebruik primer3_core online met behulp van onworks.net-services
