prof - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

prof - voorspeller van secundaire structuur en toegankelijkheid van oplosmiddelen

KORTE INHOUD

prof [INVOER BESTAND+] [OPTIES]

PRODUCTBESCHRIJVING

De secundaire structuur wordt voorspeld door een systeem van neurale netwerken met een verwachte beoordeling
gemiddelde nauwkeurigheid > 72% voor de drie toestanden helix, streng en lus (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; en Rost & Sander,
Eiwitten, 1994, 19, 55-72; evaluatie van de nauwkeurigheid). Geëvalueerd op dezelfde dataset,
PROFsec heeft een tien procentpunten hogere nauwkeurigheid in drie toestanden dan de gebruikte methoden
slechts informatie over één reeks, en met meer dan zes procentpunten hoger dan,
bijvoorbeeld een methode die uitlijningsinformatie gebruikt op basis van statistieken (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, prot. Engng., 6, 849-54, 1993). PHDsec-voorspellingen hebben drie hoofdkenmerken:

1. verbeterde nauwkeurigheid door evolutionaire informatie uit meerdere sequentie-uitlijningen
2. verbeterde bèta-strengvoorspelling door middel van een uitgebalanceerde trainingsprocedure
3. nauwkeurigere voorspelling van secundaire structuursegmenten door gebruik te maken van een systeem met meerdere niveaus

De toegankelijkheid van oplosmiddelen wordt voorspeld door een neurale netwerkmethode die een correlatie beoordeelt
coëfficiënt (correlatie tussen experimenteel waargenomen en voorspeld relatief oplosmiddel
toegankelijkheid) van 0.54 kruisgevalideerd op een set van 238 bolvormige eiwitten (Rost & Sander,
Eiwitten, 1994, 20, 216-226; evaluatie van de nauwkeurigheid). De output van het neurale netwerk
codes voor 10 staten van relatieve toegankelijkheid. Uitgedrukt in eenheden van het verschil
tussen voorspelling door homologiemodellering (beste methode) en willekeurige voorspelling (slechtste methode).
methode), is PROFacc zo'n 26 procentpunten superieur aan een vergelijkbaar neuraal netwerk
met behulp van drie uitgangstoestanden (begraven, tussenliggend, blootgesteld) en zonder gebruik van informatie
meerdere uitlijningen.

Transmembraanhelices in integrale membraaneiwitten worden voorspeld door een neuraal systeem
netwerken. De tekortkoming van het netwerksysteem is dat helices vaak te lang zijn
voorspelde. Deze worden door een empirisch filter geknipt. De uiteindelijke voorspelling (Rost et al.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; evaluatie van nauwkeurigheid) heeft een verwachte waarde per residu
nauwkeurigheid van ongeveer 95%. Het aantal valse positieven, dwz transmembraanhelices
voorspeld in bolvormige eiwitten, is ongeveer 2%. De neurale netwerkvoorspelling van
transmembraanhelices (PHDhtm) worden verfijnd door een dynamisch programmeerachtig algoritme. Dit
methode resulteerde in correcte voorspellingen van alle transmembraanhelices voor 89% van de 131
eiwitten die worden gebruikt in een kruisvalidatietest; meer dan 98% van de transmembraanhelices was dat wel
correct voorspeld. De uitvoer van deze methode wordt gebruikt om de topologie te voorspellen, dat wil zeggen de
oriëntatie van de N-term ten opzichte van het membraan. De verwachte nauwkeurigheid van de
topologievoorspelling is> 86%. De nauwkeurigheid van de voorspelling is hoger dan gemiddeld voor eukaryoten
eiwitten en lager dan gemiddeld voor prokaryoten. PHDtopologie is nauwkeuriger dan alles
andere methoden getest op identieke datasets.

Als er geen uitvoerbestandsoptie (zoals --bestandRdb or --bestandUit) krijgt de RDB-indeling
uitvoer wordt erin geschreven ./INPUTBESTANDSNAAM.prof waarbij 'prof' de extensie van de
Invoer bestand. Bij gebrek aan de extensie wordt '.prof' toegevoegd aan de invoerbestandsnaam.

uitgang formaat
Het RDB-formaat annoteert zichzelf, zie voorbeelduitvoer in /share/profphd/prof/exa.

REFERENTIES

Rost, B. en Sander, C. (1994a). Het combineren van evolutionaire informatie en neurale netwerken
de secundaire structuur van eiwitten voorspellen. Eiwitten, 19(1), 55-72.
Rost, B. en Sander, C. (1994b). Behoud en voorspelling van de toegankelijkheid van oplosmiddelen in
eiwitfamilies. Eiwitten, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., en Sander, C. (1995). Transmembraanhelices
voorspeld met een nauwkeurigheid van 95%. Eiwit Wetenschap, 4(3), 521-33.

OPTIES

Bekijk elk trefwoord voor meer hulp. De meeste hiervan zullen waarschijnlijk kapot zijn.

een alternatief connectiviteitspatroon (standaard=3)

3 voorspellen sec + acc + htm

acc voorspellen alleen de toegankelijkheid van oplosmiddelen

ali uitlijning toevoegen aan 'voor mensen leesbare' PROF-uitvoerbestanden

boog
systeemarchitectuur (bijv.: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ascii
schrijf 'voor mensen leesbare' PROF-uitvoerbestanden

beste
PROF met de beste nauwkeurigheid en de langste looptijd

zowel
voorspel de secundaire structuur en de toegankelijkheid van oplosmiddelen

gegevens
gegevens= voor HTML uit: alleen die delen van geschreven voorspellingen

debug
bewaar de meeste tussenliggende bestanden, druk foutopsporingsberichten af

dirWerk
werkmap, standaard: een tijdelijke map uit Bestand::Temp::tempdir. Moet volledig zijn
gekwalificeerd pad.

Bekend om te werken.

doeEval
DO-evaluatie voor lijst (alleen voor bekende structuren en lijsten)

doFilterHssp
filter het ingevoerde HSSP-bestand (exclusief enkele paren)

doHtmfil
DOEL de membraanvoorspelling filteren (standaard)

doe het niet
Controleer de sterkte van de voorspelde membraanhelix (standaard)

doHtmref
Verfijn de membraanvoorspelling (standaard)

doHtmtop
DO-membraanhelixtopologie (standaard)

dssp
converteer PROF naar DSSP-formaat

uitbreiden
invoegingen uitbreiden bij het converteren van uitvoer naar MSF-formaat

snel
PROF met de laagste nauwkeurigheid en de hoogste snelheid

bestandCasp
naam van PROF-uitvoer in CASP-formaat (file.caspProf)

bestandDssp
naam van PROF-uitvoer in DSSP-indeling (file.dsspProf)

bestandHtml
naam van PROF-uitvoer in HTML-formaat (file.htmlProf)

bestandMsf
naam van PROF-uitvoer in MSF-indeling (file.msfProf)

bestandNietHtm
naam van het bestand dat aangeeft dat er geen membraanhelix is ​​gevonden

bestandUit
naam van PROF-uitvoer in RDB-formaat (file.rdbProf)

Bekend om te werken.

bestandProf
naam van PROF-uitvoer in voor mensen leesbaar formaat (file.prof)

Gebroken.

bestandRdb
naam van PROF-uitvoer in RDB-formaat (file.rdbProf)

Bekend om te werken.

bestandSaf
naam van PROF-uitvoer in SAF-formaat (file.safProf)

filter
filter het ingevoerde HSSP-bestand (exclusief enkele paren)

goed
PROF met goede nauwkeurigheid en gematigde snelheid

diagram
voeg een ASCII-grafiek toe aan 'voor mensen leesbare' PROF-uitvoerbestanden

htm gebruik: 'htm= ' geeft minimale gedetecteerde transmembraanhelix, standaard is 'htm=0'
(resp. htm=0.8) kleinere aantallen meer vals-positieven en minder vals-negatieven!

html-argument
'hmtl' of 'html= ' schrijf het HTML-formaat van de voorspelling 'html' zal resulteren in
dat de PROF-uitvoer wordt geconverteerd naar HTML 'html=body' beperkt het HTML-bestand tot de
HTML_BODY-taggedeelte 'html=head' beperkt het HTML-bestand tot het HTML_HEADER-taggedeelte
'html=all' geeft zowel HEADER als BODY

behoudenConv
behoud de conversie van het invoerbestand naar het HSSP-formaat

keepFilter-argument
<*|doKeepFilter=1> bewaar het gefilterde HSSP-bestand

keepHssp-argument
<*|doKeepHssp=1> bewaar het tussenliggende HSSP-bestand

keepNetDb-argument
<*|doKeepNetDb=1> bewaar de tussenliggende DbNet-bestanden

lijst-argument
<*|isList=1> invoerbestand is een lijst met bestanden

msf converteert PROF naar MSF-formaat

mooi
geef 'nice-D' om de mooie waarde (prioriteit) van de taak in te stellen

geenProfHoofd
kopieer GEEN bestand met tabellen naar de lokale map

geenZoeken
afkorting van doSearchFile=0, dwz er wordt niet gezocht in DB-bestanden

noascii
onderdruk het schrijven van ASCII-resultaatbestanden (dat wil zeggen voor mensen leesbaar).

geenhtml
onderdruk het schrijven van HTML-resultaatbestanden

niets
De taak wordt niet aardig gevonden, dwz niet uitgevoerd met een lagere prioriteit

nietEval
Controleer de nauwkeurigheid NIET, zelfs niet als er structuren bekend zijn

nietHtmfil
filter de membraanvoorspelling NIET

nietHtmisit
controleer NIET of de membraanhelix sterk genoeg is

nietHtmref
verfijn de membraanvoorspelling NIET

nietHtmtop
NIET membraanhelixtopologie

nresPerLineAli
Aantal tekens gebruikt voor MSF-bestand. Standaard: 50.

aantalMin
Minimaal aantal residuen om het netwerk uit te voeren, anders prd=symbolPrdShort. Standaard: 9.

optJury
Voegt PHD toe aan jury. Standaard: `normaal, gebruikPHD'.

Veel andere parameters veranderen de standaardwaarde voor deze als bijeffect, zo blijkt uit de lijst
niet alomvattend:

phd, nophd, /^para(3|Beide|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Parameterbestand voor sec+acc+htm. Standaard: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
Parameterbestand voor acc. Standaard: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraBoth
Parameterbestand voor sec+acc. Standaard: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Parameterbestand voor sec. Standaard: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Minimale betrouwbaarheidsindex (RI) voor subset PROFacc. Standaard: 4.

riSubSec
Minimale betrouwbaarheidsindex (RI) voor subset PROFsec. Standaard: 5.

riSubSym
Symbool voor residuen voorspeld met RI < riSubSec/Acc. Standaard: `.'.

overslaan
problemen, handleiding, hints, notatie, txt, bekend, KLAAR, Datum, datum, aa, Lhssp, numaa,
code

saf converteert PROF naar SAF-formaat

scrAddHelp
scrDoel
schakelen tussen neurale netwerken

scrHelpTxt
Geaccepteerde invoerbestandsformaten:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scrIn
lijst_van_bestanden (of enkel bestand) parameter_bestand

scrNaam
prof

scrNarg
2

sec alleen de secundaire structuur voorspellen

stil
er wordt geen informatie naar het scherm geschreven - dit is de standaardinstelling

overslaanOntbrekend
niet afbreken als invoerbestand ontbreekt!

bron bestand
prof

proef
is slechts een test (sneller)

vertaal-jobid-in-param-waarden
Tekenreeks 'jobid' wordt vervangen door $par{jobid}

tst snel doorloopprogramma, lage nauwkeurigheid

gebruiker
gebruikersnaam

--versie
Afdrukversie

Gebruik prof online met behulp van onworks.net-services