Dit is het commando proteinortho5 dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
proteïnortho5 - tool voor het detecteren van orthologie
KORTE INHOUD
eiwitortho5 [OPTIES] FASTA1 FASTA2 [FAST
PRODUCTBESCHRIJVING
Proteinortho is een stand-alone tool die gericht is op grote datasets en daar gebruik van maakt
gedistribueerde computertechnieken wanneer deze worden uitgevoerd op multi-core hardware. Het implementeert een
uitgebreide versie van de reciproque best alignment-heuristiek. Proteinortho werd aangebracht
orthologe eiwitten berekenen in de complete set van alle 717 beschikbare eubacteriële genomen
bij NCBI begin 2009. Auteurs slaagden erin dertig eiwitten te identificeren die aanwezig waren in
99% van alle bacteriële proteomen.
OPTIES
-e = E-waarde voor ontploffing [standaard: 1e-05]
-p= blast programma {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [standaard: blastp+]
-project=
voorvoegsel voor alle resultaatbestandsnamen [standaard: mijnproject]
-syntenie
activeer de PoFF-extensie om vergelijkbare reeksen te scheiden door contextuele aangrenzendheid
(vereist .gff voor elke .fasta)
-dups= PoFF: aantal herhalingen voor aangrenzende heuristiek, om gedupliceerd te bepalen
regio's (standaard: 0)
-cs= PoFF: grootte van een maximale gemeenschappelijke subtekenreeks (MCS) voor aangrenzende overeenkomsten (standaard: 3)
-alfa=
PoFF: gewicht van aangrenzende vs. sequentiegelijkheid (standaard: 0.5)
-beschrijf beschrijvingsbestanden schrijven (alleen voor NCBI FASTA-invoer)
-houden slaat tijdelijke ontploffingsresultaten op voor hergebruik
-dwingen dwingt in ieder geval tot herberekening van ontploffingsresultaten
-cpu's= aantal te gebruiken processors [standaard: auto]
-zelfontploffing
pas selfblast toe, detecteert paralogen zonder orthologen
-alleenstaanden
rapporteer singleton-genen zonder enige hit
-identiteit=
min. percentage identiteit van de beste ontploffingshits [standaard: 25]
-cov= min. dekking van de beste straaluitlijningen in % [standaard: 50]
-conn= min. algebraïsche connectiviteit [standaard: 0.1]
-sim= min. gelijkenis voor extra treffers (0..1) [standaard: 0.95]
-stap= 1 -> indexen genereren 2 -> run blast (en ff-adj, if -syntenie is ingesteld) 3 ->
clustering 0 -> alles (standaard)
-explosiepad=
pad naar uw lokale explosie (indien niet wereldwijd geïnstalleerd)
-uitgebreid
houdt je op de hoogte van de vorderingen
-schoon verwijder alle onnodige bestanden na verwerking
-grafiek .graph-bestanden genereren (paarsgewijze orthologierelaties)
-debuggen geeft gedetailleerde informatie voor het opsporen van bugs
Meer specifieke straalparameters kunnen worden gedefinieerd door
-blastParameters='[parameters]' (bijv -blastParameters='-seg nee')
Als taken over meerdere machines moeten worden verdeeld, gebruik dan
-begin= Bestandsnummer om mee te beginnen (standaard: 0)
-stop= Bestandsnummer om mee te eindigen (standaard: -1)
Gebruik proteinortho5 online met behulp van onworks.net-services
