Dit is de opdracht pymvpa2-prep-fmri die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
pymvpa2-prep-fmri - fMRI-gegevens voorbewerken voor PyMVPA
KORTE INHOUD
pymvpa2-prep-fmri [OPTIES]
PRODUCTBESCHRIJVING
Klein hulpmiddel om een map voor te bereiden voor een typische analyse van fMRI-gegevens met PyMVPA. Hulpmiddelen
uit de FSL-suite zal worden gebruikt voor voorbewerking. Er is een 4D fMRI-tijdreeks nodig als invoer
en voert de volgende stappen uit:
- extraheer een voorbeeldvolume
- voer bewegingscorrectie uit met het voorbeeldvolume als referentie
- conservatief schedelstrippen en het genereren van hersenmaskers
- maskering van de bewegingsgecorrigeerde tijdreeksen met het hersenmasker
Alle resultaten worden opgeslagen in de huidige map, of in een submap met de
onderwerp-ID (indien opgegeven).
OPTIES
--versie
toon het versienummer van het programma en sluit af
-v UITGEBREID, --uitgebreid=UITGEBREID, --breedsprakigheid=UITGEBREID
Uitgebreidheidsniveau van uitvoer [Standaard: 0]
-h, --help, --Sos
Toon dit helpbericht en sluit af
-s ONDERJ., --onderwerp-id=ONDERJ
Onderwerp-ID gebruikt als uitvoerpad
-e EXFUNC, --voorbeeld-func-vol=EXFUNC
Volume (numerieke ID of 'laatste', 'eerste', 'midden') te gebruiken als voorbeeld
functioneel beeld. Standaard: 10
-m MCFLIRT_OPTS, --mcflirt-opties=MCFLIRT_OPTS
Opties voor MCFLIRT. '-plots' wordt automatisch toegevoegd
-p, --mcflirt-percelen
Maak een .pdf met grafieken van bewegingsparameters
-b BET_OPTS, --inzetopties=BET_OPTS
Opties voor BET. '-m' wordt automatisch toegevoegd. Standaard: '-f 0.3' voor een veilige schatting van de
hersenen schets
Gebruik pymvpa2-prep-fmri online met behulp van onworks.net-services
