samtoh5 - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

samtoh5 - converteer een SAM-bestand naar het cmp.h5-formaat

KORTE INHOUD

Samtoh5 in.sam referentie.fasta uit.cmp.h5 [opties]

OPTIES

in.sam SAM-bestand invoeren.

referentie.fasta
Referentie die wordt gebruikt om leesbewerkingen te genereren.

uit.cmp.h5
Uitvoer cmp.h5-bestand.

-smrtTitel
Gebruik deze optie bij het converteren van uitlijningen die zijn gegenereerd op basis van uitlezingen die zijn geproduceerd door de
pls2fasta(1) uit bas.h5-bestanden door leescoördinaten te ontleden van de SMRT-read
titel. De titel is in het formaat /naam/gat/coördinaten, waar de coördinaten in zijn
het formaat \d+_\d+, en vertegenwoordigen het interval van de uitlezing die was uitgelijnd.

-leesType waarde
Stel het leestype in: 'standaard', 'strobe', 'CCS' of 'cDNA'

-breedsprakigheid waarde
Stel de gewenste breedsprakigheid in.

-gebruikShortRefName
Gebruik afgekorte referentienamen verkregen van bestand.sam in plaats van volledige namen te gebruiken
vanaf referentie.fasta.

-copyQV's
Kopieer alle QV's die beschikbaar zijn in het SAM-bestand naar het bestand cmp.h5. Dit omvat dingen
zoals InsertionQV en DeletionTag.

OPMERKINGEN

Omdat SAM optionele tags heeft die verschillende betekenissen hebben in verschillende programma's, voorzichtig
gebruik is vereist om de juiste uitvoer te hebben. De tag "xs" in bwa-sw wordt gebruikt om te laten zien
de suboptimale score, maar in PacBio SAM (blasr(1)) het wordt gedefinieerd als het begin in de query
volgorde van de uitlijning. Wanneer -smrtTitel is opgegeven, wordt de xs-tag genegeerd, maar wanneer
het is niet gespecificeerd, de coördinaten gegeven door de xs- en xe-tags worden gebruikt om de . te definiëren
interval van een uitlezing die is uitgelijnd. De SIGAR-reeks is relatief aan dit interval.

Gebruik samtoh5 online met onworks.net-services