toppred - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

overtroffen - Transmembraantopologievoorspelling.

KORTE INHOUD

overtroffen [opties]seq gegevens> ...

OPTIES

De volgende opdrachtregelopties zijn toegestaan:

-c waarde
Gebruik waarde als een bepaalde grenswaarde. Standaard is 1.

-d golf
Gebruik golf als kritische afstand tussen 2 transmembraansegmenten. Als 2 berekend
segmenten worden gescheiden door een afstand kleiner dan golf aminozuren alleen het segment
met de beste hydrofobiciteitswaarde wordt rekening gehouden. Standaard is 2.

-e schakel de cyt-ext calculus over naar Eukaryoten. Standaard is Prokaryoten.

-g formaat
Produceer of toon een hydrofoob profiel in de opgegeven omstandigheden formaat. Momenteel wordt de ondersteund
waarden voor formaat zijn:

x11 : toon de grafiek op het scherm (standaard).
ps : maak een .ps-bestand.
png : maak een .png-bestand.
ppm : maak een .ppm-bestand.
geen : er wordt geen profiel gemaakt.

Waarschuwing: deze optie en de bijbehorende waarden zijn Slechts beschikbaar als toppred is gecompileerd
met de gnplot-ondersteuning.

-h Gebruiksweergave.

-H filet
Hydrofobiciteitsschaal laden van filet, standaard is GES-schaal. Geaccepteerde waarden zijn
hetzij:

KD-schaal : (Kyte en Doolittle, J. Mol. Biol (1982) 157, 105-132)
GES-schaal : (Goldman Engelman Steitz Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15/321
53)
GVH-schaal : (Gunnar von Heijne J. Mol. Biol. (1992) 225, 487-494)
ofwel uw eigen hydrofobiciteitsschaalbestand. In dit geval het hydrofobiciteitsschaalbestand
moet zich in de werkmap bevinden.

Om uw eigen hydrofobiciteitsschaalbestand te gebruiken, raadpleegt u het formaat van het ondersteunde bestand
schaal bestanden in de toppred datamap op uw systeem; kijk in
/usr/share/toppred/or /usr/local/share/toppred/of vraag uw systeembeheerder.

-n waarde
Gebruik waarde als kernvensterlengte is de standaardwaarde 11.

-o filet
Plaats de uitvoer in fileten bewaar alle andere bestanden in dezelfde map dan filet.

-O formaat
Printuitvoer in de opgegeven formaat. Ondersteunde waarden zijn: oud: oude toppred-uitvoer
formaat, nieuwe: nieuw toppred-uitvoerformaat (de standaardwaarde), html: maak een html-pagina
per sequentie, houd er rekening mee dat als het hydrofobe profiel en de topologieën niet zijn gespecificeerd
representatie wordt geforceerd in png-formaat.

-p waarde
Gebruik waarde als vermeende cut-off is de standaardwaarde 0.6.

-q waarde
Gebruik waarde als wigvensterlengte is de standaardwaarde 5.

-s waarde
Gebruik waarde als kritische luslengte. Als een lus tussen 2 transmembraansegmenten een
lengte groter dan golf Er wordt geen rekening gehouden met de Lys/Arg-verhouding om de verhouding te bepalen
topologieën. Standaard is 60.

-t formaat
Produceer afbeeldingen van de topologieën in de opgegeven formaat. Momenteel de ondersteunde waarden
voor formaat zijn: png: produceert afbeeldingen van de topologieën in png-formaat, geen: geen afbeelding
Er wordt een representatie van de topologieën geproduceerd. Standaard is png.

Waarschuwing: deze optie en de bijbehorende waarden zijn Slechts beschikbaar als toppred is gecompileerd
met de libgdb-ondersteuning.

-v Geef het versienummer weer.

FORMAT

overtroffen verwerkt alleen het fasta-reeksformaat als invoer.

overtroffen verwerkt 2 uitvoerformaten via de -O vlag.

PRODUCTBESCHRIJVING

overtroffen is een programma om de topologie van een transmembraaneiwit gebaseerd op G. von te bepalen
Heijne-algoritme.

"Voorspelling van de membraaneiwitstructuur. Hydrofobiciteitsanalyse en de positieve binnenkant
regel." J. Mol. Biol. 1992 225,487-494.

Elke reeks van seq gegevens in fasta-formaat wordt verwerkt, en overtroffen genereer de
Hydrofobyciteitsprofiel van de reeks, en de overeenkomstige hydrofobyciteitswaarden in
het bestandreeks-ID>.hydro.

Bovendien worden de voorspelde topologieën weergegeven als png-afbeeldingen. Elke topologie is dat
opgeslagen in bestandreeks-ID>-<aantal>. Png

Het hydrofobiciteitsprofiel wordt berekend met behulp van een venster dat wordt gevormd door een rechthoekig kernvenster
van maat n, geflankeerd door 2 driehoekige ramen van maat q. NB rechthoekig en driehoekig gemiddelde
dat de denkwaarden binnen die vensters respectievelijk constant en variabel zijn.

Het hydrofobiciteitsprofiel wordt berekend met behulp van het volgende venster

-> n <-
___________
/⎪ ⎪\
/ ⎪ ⎪ \
/__⎪________⎪__\
-> q <- -> q <-
-> l = n + 2q <-

Men kan dus een rechthoekig venster gebruiken door q op 0 te zetten.

overtroffen produceert de volgende uitvoerbestanden, afhankelijk van de opdrachtregelopties

foo.hydro
Bestand met de hydrofobe waarden voor de reeks foo.

foo.ps, foo.ppm, foo.png
Afbeelding die het hydrofobe profiel voor de reeks weergeeft foo in naschrift, ppm of
png-indeling, afhankelijk van de optiewaarde -g die is opgegeven op de opdrachtregel, respectievelijk -g
ps, -g ppm of -g png.

foo-1.png ... foo-n.png
Afbeelding die de grafische weergave van de voorspelde topologie weergeeft 1... n voor de
volgorde foo in png-indeling als de optie -t png op de opdrachtregel wordt gegeven.

MILIEU

TOPPREDDATA kan worden gebruikt om een ​​alternatieve toppred-gegevensmap op te geven

Voorbeelden

Overweeg de fasta-geformatteerde reeks foo in bestand bars.

overtroffen bars
Verwerk alle reeksen in fasta-formaat vanaf bars, geef voor elke reeks de
hydrofobiciteitsprofiel, produceer het overeenkomstige foo.hydro en de bijbehorende
foe-<#>. Png grafische topologieën weergegeven als png-afbeeldingen.

overtroffen -GPS bars
Hetzelfde als vorige, behalve dat in plaats van het hydrofobiciteitsprofiel weer te geven aan
scherm, deze wordt geproduceerd in een postscript-formaat afbeelding foo.ps

overtroffen -g geen bars
Hetzelfde als eerder, behalve dat het hydrofobiciteitsprofiel ook niet wordt weergegeven
geproduceerd.

overtroffen -g geen -t geen bars
Hetzelfde als voorgaande, behalve dat noch het hydrofobiciteitsprofiel, noch de grafische weergave
Er worden geen topologierepresentaties geproduceerd

overtroffen -H KD-schaal bars
Gebruik KD-schaal in plaats van de standaard GES-schaal tijdens het verwerken van reeksen.

overtroffen -O html -g png -t geen -o resultaat bars
Schrijf HTML-uitvoer in bestand resultaatBovendien wordt het hydrofobiciteitsprofiel geproduceerd
in PNG-formaat en er worden geen grafische topologieën geproduceerd.

hoe bars ⎪ overtroffen -
overtroffen kan gegevens uit stdin lezen.

AUTEURS

Erik Deveaud[e-mail beveiligd]>, Institut Pasteur en Katja Schuerer.

Gebruik toppred online met behulp van onworks.net-services