xcrysden - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

xcrysden - visualisatie van kristallijne en moleculaire structuren

KORTE INHOUD

xcrysden [speciale opties]
xcrysden [speciale opties] formaat-opties filet|directory

PRODUCTBESCHRIJVING

XCrySDen is een visualisatieprogramma voor kristallijne en moleculaire structuren, gericht op
weergave van iso-oppervlakken en contouren, die over kristallijne structuren kunnen worden gelegd
en interactief geroteerd en gemanipuleerd.

. OPTIES

-h
--help
Help-bericht weergeven.

-v
--versie
Geef informatie over de programmaversie weer.

-u id
--gebruik id
Laad XCrySDen ingebed in het containervenster met window-ID=id.

-r Sun.
--gereduceerdim Sun.
Verklein de periodieke dimensie van het XSF-bestand naar Sun.. Moet vooraf worden opgegeven --xsf keuze,
bv xcrysden -r 2 --xsf filet.

-c filet
--Op maat filet
Laad aangepaste definities uit een opgegeven bestand (de syntaxis is die van
~/.xcrysden/aangepaste definities).

-a filet
--attributen filet
Attributen uit bestand laden. De indeling van het attributenbestand is als volgt:

ELEMENTKLEUR
atoomnummer1 red1 blue1 green1
atoomnummer2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
atoomnummer1 radius1
atoomnummer2 radius2
...

-l filet
--lichten filet
Laad lichtparameters uit het lichtgeformatteerde bestand van XCrySDen.

FORMAT OPTIES

--xsf filet
Laad structuur van XCrySDen's-Structure-File (XSF) geformatteerd bestand.

--animxsf filet
--axsf filet
Laad structuren uit het geformatteerde bestand Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf filet
Laad banden uit het BXSF-bestand (Band-XSF) en visualiseer Fermi Surface.

--xmol filet
--xyz filet
Laad de structuur van een XYZ-geformatteerd bestand.

--pdb filet
Laadstructuur van bestand in PDB-indeling.

--gzmat filet
Laadstructuur van Gaussiaanse Z-matrix (vereist Open-Babel-programma).

--gaussiaanse_uit filet
--gxx_uit filet
--g98_uit filet
Laadstructuur uit Gaussiaans uitvoerbestand. Alleen enkelpuntsberekening en
optimalisatierun wordt tot nu toe ondersteund. Voor de optimalisatierun is het mogelijk om
render alle structuren die tijdens de run zijn geproduceerd.

--kubus filet
--gXX_kubus filet
--g98_kubus filet
Laadstructuur uit Gauss-kubusbestand. Het kubusbestand moet worden gemaakt met de extensie
Kubus=Kaarten optie. Alleen scalaire kubusbestanden worden ondersteund, dat wil zeggen Cube=(Cards,Density)
of Kubus=(Kaarten, Orbitalen) of Kubus=(Kaarten, Potentieel). Raadpleeg de GAUSSIAN-handleiding voor de
betekenis van deze zoekwoorden.

--kristal_inp filet
Laadstructuur van CRYSTAL (http://httphttp://www.crystal.unito.it/) Invoer bestand.

--kristal_f9 filet
Laadstructuur van CRYSTAL (http://httphttp://www.crystal.unito.it/) Fortran-eenheid 9.

--wien_struct bestandshoofd|filet|directory
Ladingsopbouw uit WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-bestand, waar:

bestandshoofd = naam van struct-bestand zonder .structuur uitbreiding,
filet = bestandsnaam,
directory = naam van de casusdirectory.

--wien_kpad directory|struct-bestand
Lees struct bestand en render eerst Brillouin-zone met speciale k-punten. K-pad kan zijn
interactief geselecteerd door met de muis op de speciale k-punten te klikken. De gebruiker moet specificeren EMIN
en EMAX energieën en het totale aantal k-punten langs het pad. Dit nummer is slechts
een schatting van het totale aantal k-punten, aangezien XCrySDen erg uniform probeert te worden
bemonstering van k-punten langs het pad (specificeer niet WIEN2k maximaal toegestane aantal k-
punten, aangezien XCrySDen mogelijk enkele punten meer kan genereren).

--wien_renderdensiteit directory
Lees struct, uitvoeren rho bestanden en maakt kristallijne structuur en vooraf berekend
ladingsdichtheid.

--wien_dichtheid map
Het 2D- of 3D-gebied voor de berekening van de ladingsdichtheid wordt interactief gekozen door
muisklikken. XCrySDen genereert in5 bestand(en), berekent en geeft ladingsdichtheid weer
hetzij als isolijnen/kleurvlakken (2D) of isosurfaces (3D).

--wien_fermisurface directory
Pop-up een taakvenster voor het maken van Fermi-oppervlakken. Na een aantal stappen komt de Fermi
oppervlak is (hopelijk) getekend als 3D isosurface.

--fhi_inpini filet
Ladingsopbouw uit FHI98MD inp.ini geformatteerd bestand.

--fhi_coord filet
Ladingsopbouw uit FHI98MD coördineren.uit geformatteerd bestand.

--pwi
--pw_inp filet
Laadconstructie van pw.x invoer bestand. pw.x is een pseudopotentiaal plangolfprogramma van
de Quantum-ESPRESSO-verdeling (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_uit filet
Laadconstructie van pw.x uitvoer bestand. pw.x is een pseudopotentiaal plangolfprogramma van
de Quantum-ESPRESSO-verdeling (http://www.quantum-espresso.org/).

-s script
--script script
Laad script uit bestand met Tcl-script.

Gebruik xcrysden online met behulp van onworks.net-services