het EngelsFransSpaans

Servers draaien | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-favicon

xml2dsr - Online in de cloud

Voer xml2dsr uit in OnWorks gratis hostingprovider via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht xml2dsr die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


xml2dsr - Converteer DICOM SR-bestand en dataset naar XML

KORTE INHOUD


xml2dsr [opties] xmlfile-in dsrfile-out

PRODUCTBESCHRIJVING


Het xml2dsr hulpprogramma converteert de inhoud van een XML-document (Extensible Markup Language)
naar DICOM Structured Reporting (SR) formaat (bestandsformaat of ruwe dataset). Het XML-schema
dsr2xml.xsd volgt nog geen standaard format. echter, de xml2dsr toepassing
kan in de toekomst in dit aspect worden verbeterd (bijv. door ondersteuning van HL7/CDA - Clinical
Documentarchitectuur).

Een geschikt XML-bestand kan worden gemaakt met behulp van de dsr2xml gereedschap (optie +Xn aanbevolen aan
voeg XML-naamruimtedeclaratie toe aan het root-element).

PARAMETERS


xmlfile-in XML-invoerbestandsnaam die moet worden geconverteerd (stdin: "-")

dsrfile-out DICOM SR output bestandsnaam

OPTIES


algemeen opties
-h --help
print deze helptekst en sluit af

--versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten

--argumenten
druk uitgebreide opdrachtregelargumenten af

-q --stil
stille modus, print geen waarschuwingen en fouten

-v --verbose
uitgebreide modus, afdrukverwerkingsdetails

-d --debug
foutopsporingsmodus, foutopsporingsinformatie afdrukken

-ll --log-niveau [l]evel: tekenreeksconstante
(fataal, fout, waarschuwen, info, debuggen, traceren)
gebruik niveau l voor de logger

-lc --log-config [f]bestandsnaam: string
gebruik configuratiebestand f voor de logger

invoer opties
codering:

+Ee --sjabloon-envelop
sjabloonelement omsluit inhoudsitems

verwerking opties
geldigmaking:

+Vs --validate-schema
valideer XML-document tegen Schema
(niet met --template-envelope)

# vereist dat libxml wordt gecompileerd met ondersteuning voor XML Schema

+Vn --check-naamruimte
controleer de XML-naamruimte in de documenthoofdmap

unieke identifiers:

+Ug --genereer-nieuwe-uids
genereer nieuwe Study/Series/SOP Instance UID

-Uo --dont-overwrite-uids
overschrijf geen bestaande UID's (standaard)

+Uo --overschrijf-uids
bestaande UID's overschrijven

uitgang opties
uitvoer bestandsformaat:

+F --schrijf-bestand
schrijf bestandsformaat (standaard)

-F --schrijf-dataset
schrijf dataset zonder bestandsmeta-informatie

syntaxis voor uitvoeroverdracht:

+t= --schrijf-xfer-zelfde
schrijf met dezelfde TS als invoer (standaard)

+te --write-xfer-little
schrijf met expliciete VR little endian TS

+tb --write-xfer-big
schrijf met expliciete VR big endian TS

+ti --schrijf-xfer-impliciet
schrijf met impliciete VR little endian TS

+td --write-xfer-leeggelopen
schrijf met leeggelopen expliciete VR little endian TS

waarderepresentaties na 1993:

+u --enable-new-vr
ondersteuning voor nieuwe VR's inschakelen (UN/UT) (standaard)

-u --disable-new-vr
ondersteuning voor nieuwe VR's uitschakelen, converteren naar OB

groepslengte codering:

+g= --groepslengte-herberekenen
herbereken groepslengtes indien aanwezig (standaard)

+g --groep-lengte-maken
schrijf altijd met groepslengte-elementen

-g --groep-lengte-verwijderen
schrijf altijd zonder groepslengte-elementen

lengtecodering in reeksen en items:

+e --lengte-expliciet
schrijf met expliciete lengtes (standaard)

-e --length-undefined
schrijf met ongedefinieerde lengtes

dataset trailing padding (niet met --write-dataset):

-p= --padding-retain
verander de opvulling niet (standaard indien niet --write-dataset)

-p --padding-off
geen opvulling (impliciet als --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]temp-pad: geheel getal
align bestand op veelvoud van f bytes
en items op een veelvoud van i bytes

deflate compressieniveau (alleen met --write-xfer-deflated):

+cl --compressie-niveau [l]evel: geheel getal (standaard: 6)
0=ongecomprimeerd, 1=snelste, 9=beste compressie

OPMERKINGEN


DICOM Overeenstemming
Het xml2dsr hulpprogramma ondersteunt de volgende SOP-klassen:

SpectacleVoorschriftReportOpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridDikteEnVolumeReportOpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Verbeterde SSR-opslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Uitgebreide SR-opslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Uitgebreide 3DSRS-opslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogOpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammografieCADSRopslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
SleutelObjectSelectieDocumentOpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
BorstCADSRopslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayStralingsdosisSROpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
Radiofarmaceutische StralingsdosisSROpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRopslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantatiePlanSRDocumentOpslag 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Houd er rekening mee dat momenteel alleen verplichte en enkele optionele kenmerken worden ondersteund.

Karakter codering
De DICOM-tekencodering wordt automatisch bepaald op basis van het element met tag
'0008,0005' (specifieke tekenset) - indien aanwezig. De volgende tekensets zijn:
momenteel ondersteund (vereist libxml opnemen iconv ondersteuning, zie --versie uitgang):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latijn 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latijn 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latijn 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latijn 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latijn 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cyrillisch "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Arabisch "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Grieks "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Hebreeuws "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Meerdere tekensets worden niet ondersteund (alleen de eerste waarde van het 'Specifieke teken'
Set' wordt gebruikt voor de tekencodering in het geval van multipliciteit van de waarde).

samendrukking
Als libxml is gecompileerd met zlib-ondersteuning, wordt het invoerbestand (xmlfile-in) kan ook zijn
gecomprimeerd met ZIP, wat meestal resulteert in veel kleinere bestanden. Zie uitvoer van optie
--versie om te controleren of zlib-ondersteuning beschikbaar is.

Beperkingen
Het XML-schema dsr2xml.xsd ondersteunt niet alle varianten van de dsr2xml uitvoer formaat.
Het standaard uitvoerformaat (plus optie --gebruik-xml-naamruimte) zou moeten werken.

Verschillende versies van libxml lijken verschillende limieten te hebben voor de maximale lengte van een
XML-elementwaarde. Daarom moet worden vermeden om zeer lange elementwaarden te gebruiken. EEN
typische limiet voor libxml versie 2.7.3 (en hoger) is 10 MB voor een enkele elementwaarde.

LOGGEN


Het niveau van de logboekuitvoer van de verschillende opdrachtregelprogramma's en onderliggende bibliotheken kan
door de gebruiker worden opgegeven. Standaard worden alleen fouten en waarschuwingen naar de standaard geschreven
foutstroom. Optie gebruiken: --uitgebreid ook informatieve berichten zoals verwerkingsdetails
zijn gerapporteerd. Optie --debug kan worden gebruikt om meer details te krijgen over de interne activiteit,
bijvoorbeeld voor foutopsporingsdoeleinden. Andere logniveaus kunnen worden geselecteerd met optie --log-
niveau. in --stil modus worden alleen fatale fouten gerapporteerd. In zulke zeer ernstige foutgebeurtenissen,
de toepassing wordt meestal beëindigd. Voor meer details over de verschillende logniveaus,
zie documentatie van module 'oflog'.

In het geval dat de logoutput naar een bestand moet worden geschreven (optioneel met logfile-rotatie),
naar syslog (Unix) of de gebeurtenislogboek (Windows) optie --log-config kan worden gebruikt. Dit
configuratiebestand maakt het ook mogelijk om alleen bepaalde berichten naar een bepaalde uitvoer te leiden
stream en voor het filteren van bepaalde berichten op basis van de module of applicatie waar ze
worden gegenereerd. Een voorbeeldconfiguratiebestand vindt u in /logger.cfg.

COMMAND LINE


Alle opdrachtregelprogramma's gebruiken de volgende notatie voor parameters: vierkante haken omsluiten
optionele waarden (0-1), drie volgpunten geven aan dat meerdere waarden zijn toegestaan
(1-n), een combinatie van beide betekent 0 tot n waarden.

Opdrachtregelopties worden onderscheiden van parameters door een voorlopend '+'- of '-'-teken,
respectievelijk. Gewoonlijk zijn de volgorde en positie van de opdrachtregelopties willekeurig
kan overal verschijnen). Als opties elkaar echter uitsluiten, is de meest rechtse verschijning
is gebruikt. Dit gedrag komt overeen met de standaard evaluatieregels van gewone Unix-shells.

Bovendien kunnen een of meer opdrachtbestanden worden opgegeven met een '@'-teken als voorvoegsel voor
de bestandsnaam (bijv @command.txt). Zo'n commandoargument wordt vervangen door de inhoud van
het corresponderende tekstbestand (meerdere spaties worden behandeld als een enkel scheidingsteken tenzij
ze verschijnen tussen twee aanhalingstekens) voorafgaand aan elke verdere evaluatie. Houd er rekening mee dat:
een commandobestand kan geen ander commandobestand bevatten. Deze eenvoudige maar effectieve aanpak
maakt het mogelijk om veelvoorkomende combinaties van opties/parameters samen te vatten en vermijdt langdradig en
verwarrende opdrachtregels (een voorbeeld wordt gegeven in bestand /dumppat.txt).

MILIEU


Het xml2dsr hulpprogramma zal proberen om DICOM-gegevenswoordenboeken te laden die zijn gespecificeerd in de
DCMDICTPATH omgevingsvariabele. Standaard, dwz als de DCMDICTPATH variabele omgeving
is niet ingesteld, het bestand /dicom.dic wordt geladen tenzij het woordenboek is gebouwd
in de toepassing (standaard voor Windows).

Het standaardgedrag moet de voorkeur hebben en de DCMDICTPATH alleen omgevingsvariabele
gebruikt wanneer alternatieve gegevenswoordenboeken vereist zijn. De DCMDICTPATH variabele omgeving
heeft hetzelfde formaat als de Unix-shell PATH variabele in dat een dubbele punt (':') scheidt
inzendingen. Op Windows-systemen wordt een puntkomma (';') als scheidingsteken gebruikt. Het datadictionary
code zal proberen om elk bestand te laden dat is gespecificeerd in de DCMDICTPATH omgevingsvariabele. Het
is een fout als er geen datadictionary kan worden geladen.

Gebruik xml2dsr online met onworks.net-services


Ad


Ad