Dit is de opdracht xplor2gmx die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
xplor2gmx - Converteer XPLOR-afstandsbeperkingen naar Gromacs-formaat
KORTE INHOUD
xplor2gmx (residu compensatie) invoer.pdb
PRODUCTBESCHRIJVING
xplor2gmx leest een XPLOR-invoerbestand met afstandsbeperkingsgegevens zoals die soms worden aangetroffen
de pdb-database (http://www.pdb.org). Vanuit dit invoerbestand moeten tweevlaksvormige beperkingen worden gemaakt
verwijderd, zodat alleen afstandsbeperkingen overblijven. Het script kan dubbelzinnigheid aan
beperkingen. Het converteert de afstandsbeperkingen naar het GROMACS-formaat.
Er moet een beperkingenbestand (.dat) op STDIN worden geleverd, en een geschikt uitvoerbestand (.itp) is
verzonden naar STDOUT.
Voorbeelden
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < terughoudendheid.dat > disre.itp
OPTIES
xplor2gmx vereist twee opdrachtregelopties: ten eerste de residu-offset (geheel getal); seconde,
de .pdb-bestandsnaam. Het pdb-bestand moet de juiste atoomnummers hebben.
Gebruik xplor2gmx online met behulp van onworks.net-services