Dit is de Linux-app genaamd BamBam waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als bambam-1.4.tgz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd BamBam gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
BamBam
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
BamBam bevat talloze tools voor het analyseren van DNA-sequentiegegevens van de volgende generatie. Er zijn hulpmiddelen beschikbaar voor het aanroepen van SNP's en indels, het identificeren van grootschalige verwijderingen, het in tabelvorm brengen van tellingen van in kaart gebrachte lezingen, methyleringsanalyse en meer.
Afhankelijk van SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) en BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Maakt ook gebruik van BioPerl, dat is opgenomen in de download-tarball.
Voordelen
- noem SNP's en indels
- genotypen toeschrijven
- Consensussequenties bouwen
- tabeltellingen van toegewezen waarden (RNA-seq)
- haplotype fasering afleiden met K-means clustering
- analyseer DNA-methylatie (bisulfiet-sequencing)
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl, C++
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/bambam/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.