Dit is de Linux-app genaamd BLAST Ring Image Generator waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als BRIG-0.95-dist.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam BLAST Ring Image Generator gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
BLAST Ringbeeldgenerator
PRODUCTBESCHRIJVING
BRIG is een platformonafhankelijke (Windows/Mac/Unix) applicatie die circulaire vergelijkingen kan weergeven tussen een groot aantal genomen, met een focus op het verwerken van genoomassemblagegegevens.Vermeld het BRIG-artikel als BRIG wordt gebruikt om cijfers voor publicaties te genereren: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genoomvergelijkingen, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Kenmerken
- Afbeeldingen tonen gelijkenis tussen een centrale referentiereeks en andere reeksen als concentrische ringen.
- BRIG voert alle BLAST-vergelijkingen en het parseren van bestanden automatisch uit via een eenvoudige GUI.
- Contig-grenzen en leesdekking kunnen worden weergegeven voor conceptgenomen; aangepaste grafieken en annotaties kunnen worden weergegeven.
- Met behulp van een door de gebruiker gedefinieerde set genen als invoer, kan BRIG de aanwezigheid, afwezigheid, afkapping of sequentievariatie van genen weergeven in een set van complete genomen, voorlopige genomen of zelfs onbewerkte, niet-geassembleerde sequentiegegevens.
- BRIG accepteert ook SAM-geformatteerde read-mapping-bestanden waardoor genomische regio's die aanwezig zijn in niet-geassembleerde sequentiegegevens van meerdere monsters tegelijkertijd kunnen worden vergeleken
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/brig/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
