Dit is de Linux-app met de naam codonPhyML waarvan de laatste release kan worden gedownload als codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd codonPhyML met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
codonPhyML
PRODUCTBESCHRIJVING
codonPhyML maakt gebruik van Markoviaanse codonmodellen van evolutie bij fylogenetische reconstructie. Gegeven een reeks soorten die worden gekenmerkt door hun DNA-sequenties als invoer, zal codonPhyML de fylogenetische boom retourneren die hun evolutionaire relatie het beste beschrijft. Ons artikel dat codonPhyML beschrijft, is gepubliceerd in het tijdschrift "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Voor meer details, volg de link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML staat op de cover van MBE! Bekijk dit eens (augustus 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Gebruik voor de multimodelversie van CodonPhyML de 'codonphyml_multi.tgz' tarball.
Voordelen
- Markoviaanse codonmodellen van evolutie: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- NNI en SPR boomtopologie zoekheuristiek
- substitutiesnelheidsparameters geschat op basis van maximale waarschijnlijkheid
- multicore-ondersteuning via OpenMP
- waarschijnlijkheid vergelijkbaar tussen verschillende modellen (dwz AA, NT en CODON)
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, onderwijs
Gebruikersinterface
Console/Terminal, Opdrachtregel
Programmeertaal
C
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
