Dit is de Linux-app genaamd CSBB-v3.0 waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als CSBB-v3.0.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd CSBB-v3.0 gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
CSBB-v3.0
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
CSBB is een op commandoregel gebaseerde bioinformatica-suite om biologische gegevens te analyseren die zijn verkregen via verschillende wegen van biologische experimenten. CSBB is geïmplementeerd in Perl, terwijl het ook gebruik maakt van R, java, python en ruby op de achtergrond voor specifieke modules. De belangrijkste focus van CSBB is om gebruikers uit de biologie- en bio-informaticagemeenschap te laten profiteren van het uitvoeren van downstream-analysetaken, terwijl de noodzaak om programmeercode te schrijven wordt geëlimineerd. CSBB is momenteel beschikbaar op Linux, UNIX.Momenteel biedt CSBB 18 modules die gericht zijn op analytische taken, zoals het uitvoeren van normalisatie van het bovenste kwantiel, interactieve visualisatie en sequencing-pipelines van de volgende generatie. CSBB heeft nu ook de mogelijkheid om openbare gegevens te verwerken. Gebruikers voorzien van end-to-end-pipeline-ervaring.
Kenmerken
- RNA-Seq
- ChIP-Seq
- ATAC-Seq
- Normalisatie
- Differentiële expressie
- Verwerking van openbare gegevens
- End-to-end-pijpleidingen
- Open-Source
- Visualisatie
- Bioinformatics
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/csbb-v3-0/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
