Dit is de Linux-app genaamd EigenMS die online in Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als EigenMS.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam EigenMS online uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
EigenMS om online onder Linux te draaien
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
EigenMS is een normalisatiemethode geïmplementeerd in R (en oudere versie in Matlab) beschikbaar als een set van twee functies die in een reeks moeten worden gebruikt.Download het bestand EigenMS.zip (nieuwste versie).
De nieuwste versie die in oktober 2017 is geüpload, bevat een bugfix voor normalisatie van één behandelingsgroep.
Schalen is vanaf 2015 weggelaten.
EigenMS gebruikt SVD om bias-trends in de gegevens te detecteren en te elimineren. EigenMS elimineert effecten van bekende en onbekende factoren en kan voor elk -omic-platform worden gebruikt.
We hebben het nut ervan in LC-MS/MS en metabolomics aangetoond in de volgende twee artikelen:
1) PMID: 19602524. "Normalisatie van piekintensiteiten in bottom-up MS-gebaseerde proteomics met behulp van singuliere waarde-ontleding".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bio-informatica 2009
2) "Metabolomics-gegevensnormalisatie met EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
MATLAB, S/R
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.