Dit is de Linux-app genaamd HMCan waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als HMCan.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam HMCan gratis uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
HMCan
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
HMCan is een op een verborgen Markov-model gebaseerd hulpmiddel dat is ontwikkeld om histonmodificatie in ChIP-seq-gegevens van kanker te detecteren. Het past drie correctiestappen toe op de gegevens: kopienummercorrectie, GC-biascorrectie en ruisniveaucorrectie.
Om HMCan uit te voeren, heeft u een ChIP-seq-doeluitlijningsbestand en een besturingsuitlijningsbestand nodig. Er is ook enige configuratie nodig, controleer het README-bestand voor meer informatie.
Auteur: Haitham Ashoor
Contact: Valentina Boeva Instituut Curie
Haitham Ashoor King Abdullah Universiteit voor Wetenschap en Technologie.
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/hmcan/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.