Dit is de Linux-app genaamd KMC-KaiC waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als KMC_KaiC_Original.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd KMC-KaiC gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
KMC-KaiC
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze code is een speciaal Kinetic Monte Carlo (KMC) algoritme dat een model van de post-translationele Kai circadiane klok simuleert.
Met de code kun je het Kai-systeem simuleren op het niveau van individuele KaiC-hexameren en -monomeren en de omzet van elk ATP-nucleotide expliciet volgen. Afgezien van ATP-hydrolyse, gehoorzamen alle reacties aan een gedetailleerd evenwicht.
De toepassing van de code wordt beschreven in ons artikel getiteld "A Thermodynamically consistent model of the post-translational Kai circadian clock", dat vrij beschikbaar is in het open access tijdschrift PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*UPDATE* We hebben een volledig omkeerbare versie van ons model gemaakt, inclusief de inverse reacties voor ATP-hydrolyse. Dit maakt het mogelijk om het model op thermodynamisch evenwicht uit te voeren. Deze versie van het model kan worden gedownload onder KMC_KaiC_Rev.zip.
Als je ons model wilt gebruiken voor je eigen onderzoek, citeer dan ons PLoS Computational Biology paper.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
