Dit is de Linux-app genaamd MCPerm: Monte Carlo SNP-permutatie waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als MCPerm_1.1.2.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd MCPerm: Monte Carlo SNP-permutatie met OnWorks gratis online uit.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
MCPerm: Monte Carlo SNP-permutatie
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
MCPerm: een Monte Carlo-permutatiemethode voor meervoudige testcorrelatie in case-control associatieonderzoek
Traditionele permutatietest (TradPerm) is een belangrijke niet-parametrische analysemethode die kan worden behandeld als de gouden standaard voor meerdere testcorrecties in case-control associatieonderzoek. Het is echter afhankelijk van de oorspronkelijke gegevens over genotypen en fenotypes van het enkelvoudige nucleotide polymorfisme (SNP) om een groot aantal willekeurige shuffles uit te voeren, en daarom is het rekenintensief, vooral voor genoombrede associatiestudie (GWAS). Om de rekensnelheid te verbeteren zonder de grootte van de TradPerm p-waarde te veranderen, hebben we een Monte Carlo permutatie (MCPerm) methode ontwikkeld als een efficiënt alternatief voor TradPerm.
Methoden: MCPerm hoeft de oorspronkelijke genotypen en fenotypegegevens niet in willekeurige volgorde te veranderen. Het maakt gebruik van de Monte Carlo-methode, maakt gebruik van hypergeometrische verdeling in twee stappen om het willekeurige aantal genotypen (AA, Aa en aa) in gevallen en controles te genereren.
Programmeertaal
S / R
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
