Dit is de Linux-app genaamd MendelChecker waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als MendelChecker_v2.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam MendelChecker gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
MendelChecker
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
MendelChecker is een op waarschijnlijkheid gebaseerde maatstaf voor de Mendeliaanse segregatie van Single Nucleotide Polymorphisms (SNP's) in nucleaire stambomen. We hebben deze methode ontwikkeld als een kwaliteitscontrolemaatregel voor het ontdekken van nieuwe varianten van luidruchtige sequentiegegevens van de volgende generatie in stambomen, zoals Restriction site-associated DNA Sequencing (RAD-seq) in niet-modelorganismen. Deze methode implementeert een vergelijking van heterogametische vs. homogametische transmissie, dwz geslachtsgebonden vs. autosomale segregatie.
Voordelen
- Meet de waarschijnlijkheid van Mendeliaanse overdracht in stambomen
- Autosoom versus geslachtschromosoomtoewijzing
- Leest standaard GATK-uitvoer
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mendelchecker/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
