Dit is de Linux-app genaamd MGEScan waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als MGEScan1.3.1.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam MGEScan gratis uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
MGEScan
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
MGEScan is een suite van twee softwaretools MGEScan-LTR en MGEScan-non-LTR.
MGEScan-LTR is software die nieuwe LTR-retrotransposons kan identificeren zonder afhankelijk te zijn van een bibliotheek met bekende elementen. Het maakt gebruik van een benadering voor het matchen van strings en eiwitdomeinanalyse om intacte LTR-retrotransposons te detecteren. Bovendien identificeert het gedeeltelijk verwijderde of solo-LTR's met behulp van Hidden Markov Models (pHMM's) met profiel.
MGEScan-non-LTR is software voor de identificatie van niet-LTR-retrotransposons in genomische sequenties, volgens een computationele benadering geïnspireerd door een gegeneraliseerd verborgen Markov-model (GHMM).
Referenties:
1. M. Rho et al., "De novo identificatie van LTR-retrotransposons in eukaryote genomen", BMC Genomics (2007) 8:90.
2. M. Rho en H. Tang, "MGEScan-non-LTR: computationele identificatie en classificatie van autonome niet-LTR retrotransposons in eukaryote genomen", Nucleic Acids Research (2009) 37:21.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Perl, C++
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mgescan/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
