Dit is de Linux-app met de naam MITP waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als MITP-1.1.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd MITP met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
MITP
PRODUCTBESCHRIJVING
miRNA is een algemeen bekend klein niet-coderend RNA dat de genregulatie van de belangrijkste biologische processen in planten en dieren kan mediëren. Daarom zijn identificatieconservering en nieuwe miRNA en hun doelgenen in het model en nieuwe soorten waarvan de sequentie is bepaald onvermijdelijk. MITP is ontworpen om miRNA gemakkelijk en sneller te identificeren op basis van sequentietoewijzingsresultaten van alle mappingsoftware die SAM-formaat outputresultaat, blastresultaat (standaard outputresultaat) of blat-resultaat (standaard outputresultaat) produceren. Het programma biedt een stappenplan (8 stappen) waarmee het programma vanaf elke stap kan worden uitgevoerd en alle resterende stappen kunnen worden voltooid. U kunt ook stap voor stap uitvoeren met elk stappenprogramma. Voer deze stapprogramma's uit in dezelfde directory als het hoofdprogramma MITP.pl. Sommige stappen zijn optioneel (lees filter, expressie, miRNA-klasse en doel). Wanneer u de gerelateerde parameters selecteert die bij deze optionele stappen horen, zal het programma deze stappen uitvoeren. Anders slaat het deze stappen over.
Voordelen
- Identificeer conserve miRNA volgens het BLAST-resultaat tussen bekende miRNA en genoomsequentie
- Identificeer nieuwe miRNA op basis van uitlijningsresultaat in standaard BLAST-uitvoer, BLAT-uitvoer of SAM-formaatbestand
- Identificeer kleine RNA-regio's
- Voorspel miRNA-doelgenen
- Vergelijk miRNA in verschillende soorten
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mitp/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
